Vous cherchez...

 
Un laboratoire
   
   
 
 
UMR1202 BIOGECO Biodiversité, Gènes et Communautés
- Complément d'adresse :
INRAE Domaine de l'Hermitage 69 Afficher la suite
INRAE Domaine de l'Hermitage 69 route d'Arcachon 33612 CESTAS CEDEX Réduire

- Missions :
Le programme de recherches de l'unité Mixte de Recherches "Biodiversité, Gènes et Communautés" est Afficher la suite
Le programme de recherches de l'unité Mixte de Recherches "Biodiversité, Gènes et Communautés" est orienté vers l’analyse des mécanismes régissant l’évolution de la diversité à différents niveaux hiérarchiques (communautés, espèces, populations, gènes) dans une perspective de gestion durable des ressources et des milieux. Les recherches développées au sein de l’UMR ont pour vocation de promouvoir une analyse plus intégrée de la diversité biologique, en considérant les interactions entre espèces, populations et individus comme moteurs de son évolution.

Les activités de l'UMR s'articule autour des trois programmes transversaux :
Phénologie et changement climatique
La phénologie est l’étude des variations des phénomènes périodiques de la vie végétale et animale en relation avec le climat. Le changement climatique rapide auquel nous assistons actuellement est déjà en train de modifier le cycle de vie d’un grand nombre d’organismes ; les données indiquent que le réchauffement des 5 dernières décennies affecte d’ores et déjà la physiologie, la phénologie et la répartition des espèces. Les impacts les plus notables ont été observés pour la phénologie des feuilles (débourrement des arbres forestiers) et de la floraison (arbres fruitiers comme le pommier), les dates de maturation des fruits (l’exemple le plus net étant celui de la vigne) et pour la phénologie de la migration des oiseaux et des poissons. Dans notre UMR, des suivis phénologiques sont effectués sur arbres et sur champignons pathogènes, dans les forêts naturelles des Pyrénées le long des gradients altitudinaux et dans les tests de provenances et expérimentations de transplantations réciproques.


Régénération des chênes : rôle des interactions biotiques
Le rôle des interactions biotiques dans le maintien de la diversité biologique est désormais bien reconnu. Ce rôle n’a pourtant guère été étudié lors de la régénération des principaux arbres forestiers, une étape cruciale du renouvellement des forêts, qui est considérée comme particulièrement sensible aux changements globaux. L’objectif de ce programme structurant est d’aborder ce sujet sur un modèle biologique adéquat, sur lequel toutes les équipes de l’unité investissent sur le long terme : la régénération du chêne. Les chênaies sont importantes non seulement pour leur importance économique et écologique (40% de la forêt française), mais aussi pour leur rôle d’assurance spatiale pour la biodiversité, comme dans le cas des îlots de feuillus par rapport aux plantations voisines de pin maritime en Aquitaine. L'étape de régénération est non seulement la phase clé où les investissements forestiers sont les plus importants et où l'avenir de la forêt se joue le plus mais aussi celle qui se prête le mieux aux expérimentations, en pépinière ou sur le terrain.

Gestion durable des forêts cultivées
Les préoccupations environnementales grandissantes font que la demande sociale insiste sur une gestion réellement multifonctionnelle des espaces et en particulier des forêts. En outre des questions sont formulées sur leur gestion dans un contexte climatique (sécheresse, tempête, risque sanitaire) mais aussi socio-économique changeant. Dans le contexte des forêts cultivées, on s’intéressera en priorité à l'impact des pratiques sylvicoles sur la gestion durable de ces écosystèmes. La connaissance du fonctionnement d’un écosystème forestier nécessite d’associer l’écologie fonctionnelle, l’écologie des communautés et la génétique des populations. Dans l'UMR, nos approches associent une approche analytique de la croissance et des risques (pathogènes, insectes, vent) sur un large réseau de placettes d'observation et d'expérimentation, réparti dans l'ensemble du Massif des Landes de Gascogne, à une approche de modélisation développée dans le cadre de la plateforme Capsis. Réduire

- Collaborations :
L'UMR bénéficie de nombreux contrats de recherche internationaux (Union Européenne, Collaborations Afficher la suite
L'UMR bénéficie de nombreux contrats de recherche internationaux (Union Européenne, Collaborations bilatérales etc.) ou nationaux (ANR, Région, INRA)

Projets de recherches en cours ou récents
(liste non exhaustive)


Projets européens

2010-2011 Action de coordination et de soutien FORESTTRAC financée par l’Union Européenne (FP7, N° 244096) “Génomique écologique en Foresterie: vers une coopération transatlantique » Coordinateur : Antoine Kremer (INRA, UMR Biogeco). 11 partenaires de 7 pays http://www.foresttrac.eu/

Cette action vise à élaborer un projet coopératif entre pays européens et Nord américains (USA et Canada) sur les réponses adaptives des arbres forestiers au changement climatique en développant des approches communes et comparatives. Les deux années sont consacrées à un état de lieux des recherches développées à ce jour en génomique des deux côtés de l’atlantique, à l’élaboration des axes de recherches qui pourraient structurés les recherches et l’exploration des possibilités de mise en commun des ressources génomiques et génétiques.

2009-2013 Projet MOTIVE financé par l’Union Européenne (FP7, N°226544) « Modèles d’aménagement adaptatif des forêts » Coordinateur : Mark Hanewinkel (Institut de Recherches Forestières du Bade Württemberg, Allemagne). 20 partenaires de 14 pays. http://motive-project.net/

Le projet MOTIVE s’intéresse aux stratégies qui peuvent être mises en place pour adapter les forêts aux changements climatiques et aux changements. Le projet porte également sur l’impact des changements globaux sur les services et produits fournis par les forêts. Le projet s’intéresse à une large gamme de situations en Europe le long d’un gradient d’intensification de la gestion forestière

2006-2010 Réseau d’excellence EVOLTREE financé par l’Union Européenne (FP6 N° 016322) « Evolution des arbres comme vecteurs de la biodiversité des écosystèmes terrestres ». Antoine Kremer, coordinateur EVOLTREE est un réseau d’excellence mis en place dans le cadre du 6ième programme cadre européen et fédère 25 laboratoires issus de 15 Pays. http://www.evoltree.eu/

Comme tout réseau d’excellence, il a pour objectifs, de développer des recherches autour d’un thématique majeure, d’intégrer les moyens et ressources autour de cette thématique, et de disséminer les résultats dans la communauté scientifique et le grand public. En termes de recherches, le réseau d’excellence a pour ambition d’associer quatre disciplines complémentaires (écologie, évolution, génomique, génétique) pour prédire les réponses des espèces et des communautés aux changements environnementaux. Cette ambition passe par la description de la diversité génétique et interspécifique dans les écosystèmes terrestres et l’analyse des processus écologiques et génétiques qui contribuent à la dynamique de cette diversité. L’accent est particulièrement mis sur les arbres et leur diversité, comme vecteurs essentiels de la biodiversité dans les écosystèmes naturels et cultivés. Son originalité porte sur la prise en compte des interactions entre espèces en combinant les acquis le plus récents de la génomique et de l’écologie, pour promouvoir une nouvelle discipline « ecosystem genomics ».




Projets nationaux

2010-2013 Projet ANR PHYLOSPACE «Intégrer des cophylogénies, changements d’aires et cartes paléoclimatiques pour inférer l’histoire d’associations sous changements climatiques ». Coordinateur : Alain Franc, (INRA-UMR Biogeco). 5 partenaires https://w3.pierroton.inra.fr/phylospace/index.php

PHYLOSPACE contribue à mieux associer phylogénies et biogéographie historique pour mieux connaitre l'effet des changements climatiques sur les communautés. Il consiste à reconstruire dans le passé, par inférence, l'évolution des aires de répartition de différents groupes d'espèces (arbres, insectes), leurs phylogénies, et en déduire l'histoire de leurs associations. Les outils mis en œuvre sur plusieurs modèles biologiques sont l'inférence phylogénétique par maximum de vraisemblance, et la reconstruction de cartes paléoclimatiques à l'aide de modèles de circulation générale. Des cartes paléoclimatiques et paléogéographiques seront construites, qui serviront de théâtre pour le déroulement des événements de spéciation et migration ainsi reconstruits par inférence. Ces cartes permettront à la fois de calibrer certains aspects des modèles de migration, et de choisir avec plus de vraisemblance entre plusieurs scénarios possibles

2009-2011 Projet ANR METAQTL « Méthodes et outils bioinformatiques pour la méta-analyse de QTL et l’intégration des méta-QTL, des cartes physiques et des séquences de génome ». Coordinateur : Johann Joets (INRA-Moulon). 7 partenaires.

Au cours des dernières années, de nombreux programmes ont produits énormément de données à l’échelle des génomes en génétique ou en génomique. Pour tirer pleinement partie de ces données, il est nécessaire de les intégrer à plusieurs niveaux de résolution. La cartographie de QTL est généralement réalisée à partir de plusieurs types de population. Des méthodes d’intégration de QTL ont été développées pour capitaliser sur l’ensemble des résultats obtenus et prédire plus précisément la position de QTL. D’autres méthodes ont également été mises au point pour construire des cartes génétiques consensus facilitant la recherche de co-localisatons entre gènes candidats et QTL. Ces méthodes on été implémentées dans le logiciel BioMercator lors de précédents projets soutenus par Génoplante ou le Generation Challenge Programme. De nouveau développements méthodologiques améliorant les approches de méta-analyse de QTL sont disponibles et pourraient être implémentées dans ce logiciel. Cela permettra d’intégrer la cartographie de QTL avec les annotations du génome habituellement disponibles dans les navigateurs génomiques (modèles de gènes, polymorphism, etc…).



Projets régionaux

2010-2013 Projet PHENOLOGIE « Phénologie et stratégies temporelles : adaptation des populations au changement climatique », financé par la région Aquitaine. Coordinateur: Sylvain Delzon (INRA-UMR Biogeco). 5 partenaires

Ce projet a pour objectif (i) de fournir un état des lieux de la biodiversité dans les écosystèmes du Grand Sud-Ouest, (ii) d’identifier les principaux mécanismes qui façonneront cette diversité en réponse aux changements globaux en cours et (iii) de quantifier les capacités d’adaptation des populations. Les résultats escomptés sont des éléments de prévision de l’évolution future, utiles pour la gestion de la diversité et des milieux mais également pour la création variétale adaptée aux changements climatiques.

- Dans le cadre de l'étude de la réponse adaptative des plantes au changement climatique chez les espèces pérennes fruitières ligneuses (Prunus, vigne) et chez les espèces forestières (Fagacées), nous nous intéressons aux répercussions d'une élévation de température sur le cycle phénologique et plus particulièrement sur la période de l'initiation florale, la date de floraison, la levée de dormance (satisfaction des besoins en froid), le débourrement ou la sénescence foliaire, la véraison, la maturation et sur la composition et la qualité des fruits (cerise et raisin).

- Nous nous intéresserons également à la compréhension du rôle du comportement individuel dans le fonctionnement et l’évolution des populations naturelles associées au cours d'eau (salmonidés, anguille et cincle plongeur). La phénologie de certains traits de vie (reproduction, dispersion, maturation, migration génésique) constitue une variable importante dans le fonctionnement des populations pouvant par exemple engendrer de l’isolement reproducteur par le temps, affectant ainsi la distribution de la variabilité phénotypique et génétique intra et inter-populations. Réduire

- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : animal, approche gène candidat, arbre forestier, armillaria ostoyae, bois, champignon, chenille processionnaire, coléoptère carabique, communauté prairiale, cryphonectria parasitica, erysiphe, eucalyptus, fagus, forestier, herbacée, insecte, insectivore, microorganisme, oiseaux, phénologie des peuplements, pinus, plante, qtl, quercus
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique, biodiversité animale, biodiversité fongique, biodiversité génétique, biodiversité microbienne, Biodiversité naturelle, biodiversité végétale, changement climatique, changement climatique global, gestion durable, santé des forêts, variabilité génétique
Démarche, discipline : Biodiversité et Ecologie, Biologie végétale, Ecology and Environment, écophysiologie, Génétique des populations, génomique, Milieux et Changements globaux, Mycologie
Afficher la suite
Objet d'étude : animal, approche gène candidat, arbre forestier, armillaria ostoyae, bois, champignon, chenille processionnaire, coléoptère carabique, communauté prairiale, cryphonectria parasitica, erysiphe, eucalyptus, fagus, forestier, herbacée, insecte, insectivore, microorganisme, oiseaux, phénologie des peuplements, pinus, plante, qtl, quercus
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique, biodiversité animale, biodiversité fongique, biodiversité génétique, biodiversité microbienne, Biodiversité naturelle, biodiversité végétale, changement climatique, changement climatique global, gestion durable, santé des forêts, variabilité génétique
Démarche, discipline : Biodiversité et Ecologie, Biologie végétale, Ecology and Environment, écophysiologie, Génétique des populations, génomique, Milieux et Changements globaux, Mycologie
Echelle d'étude : arbre, communauté fongique, forêt, génome, peuplement, populating, population animale, population bactérienne, population biologique, population fongique, population végétale, population virale
Localisation géographique : aquitaine, dordogne, europe, france, gironde, landes, pyreneees, pyrénées, sud ouest france, tunisie, usa
Dispositif technique et méthode d'étude : architecture aérienne, architecture racinaire, biomass plantations, croissance, dendrométrie, écologie évolutive, écologie fonctionnelle, écophysiologie forestière, expérimentation, genetic correlation, génomique fonctionnelle, génotypage, marqueur moléculaire, modélisation, phénologie, plateforme génomique transcriptomique, science forêt, séquençage du génome, simulation, suivi temporel, transcriptomique
Composé chimique, Facteur du milieu : acide nucléique, acide ribonucléique, adn, eau, propriété des individus, température
Phénomène, processus et fonction : adaptation à la sécheresse, adaptation des espèces, capacité d'adaptation, contrainte de croissance, développement végétal, dynamique des populations, parasitisme, phénotype, plasticité, résistance aux bioagresseurs
Réduire
 

En naviguant sur notre site vous acceptez l'installation et l'utilisation des cookies sur votre ordinateur. En savoir +