Annuaire des Laboratoires et des Recherches

INRA Domaine de Vilvert
78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX Réduire

L'unité MIA (Mathématiques et Informatique Appliquées) du centre INRA de Jouy-en-Josas a pour missions générales :
- d'effectuer des recherches en statistique, mathématiques et informatique sur des sujets choisis pour leur intérêt propre ou pour l'intérêt de leurs applications dans le champ des recherches de l'institut ;
- de participer à des recherches pluridisciplinaires dans le champ de ses compétences au sein de l'institut ou au travers de collaborations externes formalisées ;
- de diffuser les méthodes statistiques, mathématiques et informatiques nouvelles, en particulier provenant de ses recherches, dans la communauté des biologistes et agronomes. Cette diffusion peut s'opérer par des publications de vulgarisation, par la production de logiciels, par la participation à des actions d'enseignement et de formation.
Ses principales compétences sont décrites au travers des activités scientifiques. Réduire

L'Unité MIA compte :
- 14 chercheurs (8 DR et 6 CR) ;
- 11 ITA (4 IR, 3 IE, 3 TR, 1 AJT) ; Afficher la suite

L'Unité MIA compte :
- 14 chercheurs (8 DR et 6 CR) ;
- 11 ITA (4 IR, 3 IE, 3 TR, 1 AJT) ;
- 7 doctorants (dont 2 ASC) co-encadrés avec des membres d'autres départements INRA ou d'autres organismes. Réduire

Contrats européens :
- Modélisation stochastique de l'évolution de populations biologiques. http Afficher la suite

Contrats européens :
- Modélisation stochastique de l'évolution de populations biologiques. http://www.egide.asso.fr/fr/programmes/econet/
- BaSysBio (Integrated project). Towards an understanding of dynamic transcriptional regulation at global scale in bacteria: a systems biology approach.
Contrats nationaux et régionaux :
- SANCRE, PSDR GO 2009. Santé Animale, sécurité des aliments et compétitivité des filières animales régionales.
Programmes ANR :
- HeterosYeast, Programme Alimentation et Industries Alimentaires 2008. Exploitation du phénomène d'hétérosis pour l'amélioration des levures d'oenologie.
- NATORA, Programme OGM 2008. Flux de gènes du colza vers la ravenelle.
- MICRO-OBES, Programme Génomique Microbienne à Grande Echelle 2007. Microbiome intestinal humain dans l'obésité et la transformation nutritionnelle.
- QUANT'HACCP, Programme Alimentation Nutrition Humaine 2007. Appréciation quantitative des risques microbiologiques au service des mesures de maîtrise des dangers afin de respecter des objectifs de sécurité des aliments.
Participation à des réseaux internationaux :
- Neuroprion. Réseau d'excellence européen sur la prévention, le contrôle et la gestion des maladies à prions, http://www.neuroprion.com/en/index.html.
- PSI (Proteomics Standard Group): Participation aux processus d'élaboration des normes en analyse et échange de données protéomiques (http://psidev.sourceforge.net/).
- DynStoch : réseau européen autour des méthodes statistiques pour modèles stochastiques dynamiques.
Collaborations avec des groupes étrangers :
- Rothamsted Experimental Station (UK). Modélisation et simulation de paysages agricoles pour l'étude des flux de gènes (Work Package 3 du projet européen SIGMEA).
- Université Saint-Louis du Sénégal. Modélisation de la dynamique des vecteurs de la fièvre de la vallée du rift, avec le CIRAD, l'ISRA et l'IRD.
- Départements de Mathématiques de l'Université d'Extremadura (Espagne), de l'Université de Göteborg (Suède), de l'Académie Bulgare des Sciences de Sofia : processus de branchement.
- Groupe Risk du ReX européen NeuroPrion (risques liés à l'ESB).
- Epigroup Veterinary Epidemiology Group (Centre for Tropical Veterinary Medicine, University of Edinburgh, UK) -- devenu : Epidemiology Group (Centre for Infectious Diseases, University of Edinburgh, UK).
- LMDP Laboratoire de Mathématiques et Dynamiques des Populations (Université de Marrakech, Maroc). Analyse de modèles d'EDP.
- Institute of Physiology, Academy of Sciences of the Czech Republic (Prague). Modélisation du système nerveux olfactif de l'insecte.
- Department of Mathematical Analysis, Budapest University of Technology and Economics (Budapest). Modélisation du système nerveux olfactif de l'insecte.
Collaborations avec d'autres équipes INRA :
- SAGA Station d'Amélioration Génétique des Animaux (INRA Toulouse). Modélisation de la transmission de la tremblante.
- Unité Eco-Innov (Grignon). Modélisation de flux de gènes à l'échelle du paysage. Co-encadrement de stages Mastère. Participation au projet européen Sigmea. Participation commune à plusieurs réponses à appels d'offres sur les OGM.
- UMR Agronomie et Environnement (Grignon). Modèles de culture, méthodes d'analyse de sensibilité, méthodes bayésiennes. Thèse co-encadrée en projet.
- Station de Génétique et Amélioration des Plantes, UMR INRA-ENSAR (Rennes). Modélisation de flux de gènes, hybridation colza-ravenelle. Co-encadrement d'un stage DEA. Réponses à appels d'offres OGM.
- UMR Gestion de la Santé Animale (GSA), INRA-Ecole Nationale Vétérinaire (Nantes). Modélisation de pathologies animales (diarrhée virale bovine (BVD), salmonellose, etc.). Co-encadrement de thèses (une achevée, une autre en cours). Participation commune au projet ACDUQ retenu dans le cadre de l'appel d'offres ADD 2005.
- Unité d'épidémiologie animale (Clermont-Theix). Modélisation de l'ESB, détection d'émergence. Co-encadrement de thèse. Participation commune à des réponses à appel d'offres (projet ACDUQ, & projet MERE en cours d'arbitrage).
- Unités de recherche Phytopathologie et Méthodologies de la détection d'OGM (Versailles). Méthodes de détection d'OGM dans les aliments : plans d'expériences, échantillonnage, PCR quantitative. Thèse co-encadrée. Participation au projet européen Co-Extra.
- Met@risk (Paris) Unité multidépartementale centrée autour des problèmes scientifiques liés aux risques alimentaires. Collaboration autour des méthodes bayésiennes.
- MIG (Jouy-en-Josas) Développement du logiciel PARIS. Implications communes dans le projet ANR DynamoCell et dans un projet (soumis) AgroBI.
- Unité Biochimie Bactérienne (Jouy-en-Josas). Développement du logiciel PARIS. Co-encadrement de thèse depuis l'automne 2005.
- Unité Flore Lactique et Environnement Carné (Jouy-en-Josas). Développement du logiciel PARIS, analyse de données protéomiques.
- Unité Virologie et Immunologie Moléculaires (Jouy-en-Josas). Analyse de données protéomiques.
- Unité Eco-physiologie du Système Digestif (Jouy-en-Josas). Modélisation de la chaîne trophique du côlon.
- Unité mixte UMPC/INRA/INA-PG Physiologie de l'Insecte (Versailles). Modélisation du système nerveux olfactif de l'insecte.
- Unité Biopolymères, Interfaces et Assemblages (Nantes). Analyse spatiale du péricarpe de tomate.
- Unité Fonctions Digestives et Nutrition Humaine (Nantes). Analyse multidimensionnelle et chronologique de biomarqueurs le long de la crypte colique.
- Unité Génomique Végétale (Evry). Analyse différentielle de données postgénomiques et sélection de modèles.
- Laboratoire de Génétique Microbienne (Jouy-en-Josas), Analyse de réseaux d'interactions protéine-protéine.
- Unité de Microbiologie et Génétique Moléculaire (Versailles-Grignon), Modélisation de la voie des carbones.
Collaborations avec d'autres groupes français en dehors de l'INRA :
- ORSAY Laboratoire de Mathématiques, équipe probabilités, statistiques et modélisation (Paris 11, Orsay). Sélection de modèles.
- Laboratoire J. A. Dieudonné (université Nice Sophia-Antipolis). Tests de validation, sélection de modèles.
- Equipe MAP5 (Paris 5) Statistique des processus.
- L2S Laboratoire des Signaux et Systèmes (Supélec, Paris Sud et CNRS). Analyse de systèmes dynamiques, en particulier identification et identifiabilité des paramètres.
- LAGA Equipe Probabilités et Statistiques du laboratoire, université Paris Nord. Test de validation pour des modèles de régression à effets mixtes.
- Biomathématiques Université de Lille. Modèles de mélanges, statistiques.
- Laboratoire Écologie-Systématique-Évolution (Paris XI). Modélisation des flux de gènes (colza).
- CETIOM (Institut Technique sur les plantes cultivées oléagineuses).
- Département de Mathématiques de l'Université du Havre. Modèles SEI, modélisation ESB.
- Université de Rennes I. Processus de branchement philopatriques.
- UMR 8145 (Paris 5). Modélisation DVB.
- GEODES 2 UR en modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes naturels et sociaux (IRD Bondy). Modélisation individu-centrée, application à la transmission de la tremblante.
- Unité Epidémiologie, Systèmes d'Information, Modélisation (INSERM U707, Paris). Modélisation de la diffusion des pandémies de grippe, analyse de sensibilité des modèles.
- Unité Eco-évolution mathématique (CNRS/ENS UMR 7625, Paris). Modélisation de la compétition inter-souches et de la dynamique épidémique de la grippe aviaire.
- LERQUAP, AFSSA. Appréciation quantitative des risques.
- Projet Vista (IRISA, Rennes). Projet ACI IMPBIO MoDynCell.
- Plate-forme Imagerie Cellulaire et Tissulaire (Institut Curie, Paris). Projet ACI IMPBIO MoDynCell.
- Laboratoire Biochimie des Protéines et Protéomiques (Paris 13). Développement du logiciel PARIS, analyse de données protéomiques.
- Unité de Génétique des Génomes Bactériens (Institut Pasteur, Paris). Projet DynamoCell.
Participation à des réseaux nationaux :
- M3D, RNSC 2011 et 2010.Mathématiques et Décision pour le Développement.
- Mexico, RNSC 2011.
- Modélisation mécanique et biochimique du développement du troboblaste bovin, RNSC 2009.
- EpiEmerge. Mobiliser des forces de recherche en vue de définir des stratégies génériques permettant un meilleur contrôle des risques émergents.
- GDR Microscopie Fonctionnelle du Vivant. Ce GdR interdisciplinaire, crée en 2003, se consacre à l'étude des grandes fonctions cellulaires (telles que l'expression du génome, le trafic membranaire, les voies de signalisation) grâce au développement de stratégies permettant de localiser, mesurer et quantifier à l'échelle microscopique et nanoscopique les dynamiques et interactions moléculaires au sein de cellules vivantes isolées ou en tissus. http://www.gdr2588.cnrs.fr/indexfr.php
- CoReV Modèles et théories pour le contrôle de ressources vivantes et la gestion de systèmes écologiques. http://www.inapg.inra.fr/ens_rech/bio/Ecologie/corev/corev-accueil.htm
- PSG (Protéomique Standard Groupe): financé par le Réseau National des Genopôles, ce groupe est le correspondant francophone du groupe PSI (Proteomics Standard Group). Il a pour objectif de définir des normes et outils pour le stockage, l'échange, l'analyse et l'interprétation des données protéomiques.
Participation à des réseaux MIA : le département MIA a soutenu la mise en place en 2006 de groupes de travail promouvant des échanges entre les chercheurs du département et des partenaires universitaires. L'unité est impliquée dans 4 des 10 groupes soutenus :
- Exploration numérique des propriétés des modèles.
- Statistique et données post-génomiques.
- Approche statistique de la dynamique des systèmes microbiologiques. Application à la maîtrise des risques alimentaires. Réduire