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Plateforme Génome Transcriptome
(ACS)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : animal, microorganisme, plante
Question sociétale et finalité, contexte : biodiversité animale, biodiversité fongique, biodiversité génétique, biodiversité microbienne, Biodiversité naturelle, biodiversité végétale, variabilité génétique
Démarche, discipline : génomique
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Objet d'étude : animal, microorganisme, plante
Question sociétale et finalité, contexte : biodiversité animale, biodiversité fongique, biodiversité génétique, biodiversité microbienne, Biodiversité naturelle, biodiversité végétale, variabilité génétique
Démarche, discipline : génomique
Echelle d'étude : population animale, population bactérienne, population végétale, population virale
Localisation géographique : aquitaine, europe, france
Dispositif technique et méthode d'étude : génotypage, plateforme génomique transcriptomique, séquençage du génome, transcriptomique
Composé chimique, Facteur du milieu : acide nucléique, acide ribonucléique, adn
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- Description détaillée :
La Plateforme Génome Transcriptome (PGT) est une des composantes du Centre de Génomique Afficher la suite
La Plateforme Génome Transcriptome (PGT) est une des composantes du Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB). Elle a vu le jour par fusion de deux plateformes : la plateforme Génotypage Séquençage et la plateforme Transcriptome, et a été labellisée par IBiSA et par l’INRA (plateforme stratégique) en 2009.

D'abord hébergée dans des laboratoires de recherche préexistants situés sur trois sites différents, elle a acquis depuis peu une autonomie nouvelle avec l'installation de ses activités de séquençage Sanger et haut débit (GAIIx d'Illumina) dans des surfaces propres sur le site Carreire de l'université de Bordeaux 2.
Les activités de génotypage à haut débit (BeadXpress Illlumina) et de génotypage Sanger présentes sur le site INRA de Pierroton vont bientôt s'installer dans des surfaces propres à la plateforme (bâtiment en cours de construction, livraison prévue mi 2011).
Le troisième pôle d'activité, essentiellement dédié à l'activité tilling et transcriptomique, bénéficie aussi de locaux dédiés sur le site INRA de Villenave d'Ornon. Il a fusionné en 2009 avec la Plateforme Génotypage Séquençage du fait de l'évolution de la transcriptomique liée à l’émergence du séquençage de nouvelle génération mais il conserve une forte spécificité sur les activités tilling.

Au total, 14 personnes travaillent sur la plateforme. Le personnel à temps plein se compose de trois ingénieurs, deux techniciennes et une bioinformaticienne (trois titulaires et trois CDD). Huit autres personnes participent à la plateforme à temps partiel (10 à 50%) : les deux responsables de la PGT, cinq ingénieurs dont trois ingénieurs bioinformaticiens et la secrétaire gestionnaire du CGFB.

La répartition des activités sur les différents sites permet à la plateforme d’assurer ses missions au plus proche des utilisateurs dans ses domaines de compétence, génotypage, séquençage et tilling. Les utilisateurs viennent en effet essentiellement du monde de l'agronomie et du domaine de la santé. Les compétences de génotypage et de séquençage étant en partie communes aux équipes installées sur les sites INRA-Pierroton et Carreire-Santé, les utilisateurs trouvent sur les deux sites des interlocuteurs ouverts à leurs thématiques de recherche et compétents aussi bien en séquençage qu’en génotypage. Des outils de robotique et de quantification sont également accessibles sur les différents sites, permettant aux utilisateurs de préparer leurs échantillons à proximité de leur lieu de travail, quel que soit le site sur lequel ils seront analysés (BeadXpress et GAIIx en particulier).

Organisée comme un service commun accessible à tous les utilisateurs publics et privés, elle offre des services

* de prestation,
* de mise à disposition d'équipements,
* de formation.

Le coût de ces services est disponible sur demande (voir le lien propre à chaque activité dans les différents onglets).
L'organisation mise en place pour répondre à ces objectifs vise la certification ISO 9001 en 2010-2011. Elle est présentée dans les onglets Génotypage, Séquençage et Tilling du site. Réduire

- Champs de rattachement :
 

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