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Centre ressources biologiques Génomique des animaux domestiques
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La plate-forme regroupe des clones de grand fragment d'ADN des animaux d'élevage et d'ADNc Afficher la suite
La plate-forme regroupe des clones de grand fragment d'ADN des animaux d'élevage et d'ADNc produites à l'INRA. Les collections sont enrichies par des acquisitions extérieures. La plate-forme produit des réseaux d'ADN pan-génomique sur membrane de nylon et lame de verre pour les quatre espèces principales du programme AGENAE, truite, poulet, porc, bovin. Actuellement ces réseaux sont préparés à partir d'ADNc mais l'utilisation d'oligonucléotides est envisagé. Le service construit aussi des réseaux d'ADN restreints à un groupe de gène et des membranes d'ADN génomique. Le développement des techniques de génomique à haut débit et les approches de biologie intégrative nécessitent des infrastructures lourdes et coûteuses que les laboratoires peuvent difficilement se procurer individuellement. L'ouverture de plate-formes communes de service regroupant un ensemble de moyens et de savoir-faire donne accès à ces ressources. La mise à disposition de matériel biologique comme des clones de grand fragment d'ADN facilite les travaux sur la structure des génomes et le polymorphisme génétique des populations. Le regroupement des collections produites par les laboratoires au fil du temps et une gestion centralisée permettent une meilleure conservation et facilite la distribution. Par ailleurs, en rendant possible la mesure simultanée de nombreux gènes, voire du répertoire complet d'un génome, la technologie des puces à ADN est en plein essor. C'est cependant une technique délicate qui demande à la fois les ressources biologiques adéquates, des informations de séquences, une robotique performante et un savoir faire particulier.
Le GIS AGENAE, chargé de promouvoir à l'INRA et au CIRAD les études de biologie intégrative pour les animaux d'élevage a été à l'origine de la création d'une plateforme de service de ce type, le CRB-GADIE. Le service informatique SIGENAE créé simultanément complète le dispositif mis à disposition des utilisateurs.
Le centre de ressources a été créé en 2001. La fabrication des puces à ADN a commencé deux ans après, d'abord avec des réseaux sur membrane de nylon puis après miniaturisation de la technique sur des lames de verre ou des petites membranes. Les répertoires de gènes déposés dépendent de l'avancement du travail de séquençage des collections d'ADNc et de l'identification des gènes, l'objectif étant de réunir une représentation la plus exhaustive possible du génome. Le dépôt d'oligonucléotides à la place d'ADNc est envisagé dès que les informations de séquence sont suffisantes pour le faire. Rationaliser la conservation et la distribution d'outils de génomique fabriqués pour des laboratoires de recherches. Partenaires AGENAE.
EADGENE
Rassembler, gérer, conserver et mettre à disposition les collections de clones bactériens recombinants, BAC, YAC et ADNc et les informations associées. Construire et distribuer des outils de génomique ou transcriptomique tels que membranes à haute densité de clones ou puces à ADN. Intégrer la plate-forme dans le réseau national des centres de ressources. Se conformer aux règles de fonctionnement des plateformes RIO.
Ouvrir la plateforme à l'ensemble de la communauté scientifique.

Le CRB-GADIE conserve les collections de grand fragment d'ADN de huit espèces d'élevage (bovins, poulet, porcs, truite, lapin, caprins, ovins et cheval) et des banques d'ADNc des quatre espèces phare du programme AGENAE : porc, bovins, poulet et truite.
Les collections représentent plusieurs millions de clones en comptant les copies de travail, provenant de laboratoires l'INRA et de collections importées.
Des réseaux d'ADNc sur lame de verre sont disponibles pour le poulet et le bovin, sur membrane de nylon pour le porc et la truite.
La plateforme est certifiée pour la norme ISO 9001:2000 depuis juillet 2005 et a été renouvellée en juin 2006. Le CRB-GADIE est un dispositif d'appui technologique aux programmes de recherche de Génomique des Animaux d'Intérêt Economique. La plate-forme a une double mission, celle d'un centre de ressources biologiques chargé au niveau national de conserver et distribuer les ressources biologiques utiles aux études de biologie structurale et d'expression et celle de fabriquer les réseaux d'ADN nécessaires à ces dernières. Réduire

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