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Les enjeux scientifiques concernent essentiellement les développements extrêmement rapides de la connaissance des génomes. Dans un contexte où plusieurs espèces animales d'élevage ont leur génome complet séquencé ou l'auront dans un avenir très proche, il convient d'utiliser au mieux cette information riche et nouvelle : investir encore d'avantage en génomique comparée entre espèces, rechercher systématiquement les polymorphismes (principalement SNP), développer la génomique fonctionnelle à grande échelle et à bas coût, de façon à l'inclure dans les programmes d'identification de gènes d'intérêt, y compris dans les approches QTL ; développer la bioinformatique, à la fois structurale mais aussi fonctionnelle ; comprendre la régulation des gènes (par exemple l'empreinte), à partir de leur organisation spatiale dans le noyau. le noyau. Les enjeux sont essentiellement les progrès dans les deux autres champs thématiques : identification des gènes d'intérêt, méthodes de gestion des populations. 1. Cartographie des génomes : cartographie comparée entre l'homme, les espèces animales modèles, les espèces de rente séquencées, les espèces d'intérêt non encore séquencées.

2. Génomique fonctionnelle : développer l'analyse du transcriptome. Les tissus/fonctions ciblées sont : la production laitière, le muscle, l'engraissement, la fonction ovarienne, la réponse immunitaire, la glycosylation.

3. Cartographie fonctionnelle et phénomènes épigénétiques. Inventorier les différents phénomènes épigénétiques. Cartographier l'organisation et la régulation des gènes dans le noyau. Ces travaux seront ciblés sur la réaction immunitaire et l'empreinte parentale.

4. Polymorphismes et génotypage. Recherche de SNP, génotypage à haut débit et faible coût.

5. Bioinformatique : basée sur la comparaison des génomes entre espèces, en incluant l'ensemble des données fonctionnelles disponibles. En amont direct des CT2 et CT3 du département GA. En très forte relation avec plusieurs CT des départements PHASE, SA et CEPIA.Arrêt des travaux de cartographie dans un certain nombre d'espèces dont le génome est suffisamment connu;
Transfert "in silico" de nombreuses études préparatoires ;
Utilisation massive des SNP comme nouveaux marqueurs à haut débit et faible coût ;
Utilisation des données de génomique fonctionnelle comme nouveaux phénotypes. nouveaux phénotypes. Génomique, Génétique moléculaire, Bioinformatique, Génétique cellulaire, Cytogénétique 8 unités 38 ETP chercheurs INRA, 10 non INRA Centre National de Séquençage,
Génopoles de Toulouse et de Rennes
Réseau des Génopoles
USDA Fonds National pour la Science
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