SA-CT1 :
Agents pathogènes : bio-agresseurs (prions, virus, bactéries, parasites, micromycètes) et agresseurs chimiques
(CT)
(CT)
- Animateur principal Thierry Pineau
- Adresse INRA 180 chemin de Tournefeuille 31027 St-Martin-Du-Touch
- Téléphone +33 (0) 2 47 42 77 75
- Fax 05 61 28 53 10
- E-mail Thierry.Pineau [at] toulouse.inra.fr
- Site Web http://www.inra.fr/sa
-
Départements
Santé animale
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude :
coccidie,
paramyxovirus,
bactériophage,
queue,
bacillus subtilis,
aspergillus,
penicillium,
byssochlamys,
chlamydophila abortus,
chlamydophila pecorum,
coxiella burnetii,
ovin,
caprin,
bovin,
rotavirus,
prion,
herpesvirus transformant,
tégument viral,
souris,
neurone,
système cellulaire,
virus respiratoire syncytial bovin,
rhabdovirus,
virus de la rage,
nématode,
strongle,
ruminant,
protéome,
mouton,
virus à arn,
virus respiratoire syncytial,
microarrays,
herpesvirus,
babesia divergens,
ixodes ricinus,
gamogonie,
virus,
volaille
Question sociétale et finalité, contexte : sécurité alimentaire, biodiversité microbienne, variabilité génétique
Démarche, discipline : Parasitologie, Immunologie, Virologie, Statistiques, Biologie cellulaire, Immunité innée
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Question sociétale et finalité, contexte : sécurité alimentaire, biodiversité microbienne, variabilité génétique
Démarche, discipline : Parasitologie, Immunologie, Virologie, Statistiques, Biologie cellulaire, Immunité innée
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Objet d'étude :
coccidie,
paramyxovirus,
bactériophage,
queue,
bacillus subtilis,
aspergillus,
penicillium,
byssochlamys,
chlamydophila abortus,
chlamydophila pecorum,
coxiella burnetii,
ovin,
caprin,
bovin,
rotavirus,
prion,
herpesvirus transformant,
tégument viral,
souris,
neurone,
système cellulaire,
virus respiratoire syncytial bovin,
rhabdovirus,
virus de la rage,
nématode,
strongle,
ruminant,
protéome,
mouton,
virus à arn,
virus respiratoire syncytial,
microarrays,
herpesvirus,
babesia divergens,
ixodes ricinus,
gamogonie,
virus,
volaille
Question sociétale et finalité, contexte : sécurité alimentaire, biodiversité microbienne, variabilité génétique
Démarche, discipline : Parasitologie, Immunologie, Virologie, Statistiques, Biologie cellulaire, Immunité innée
Echelle d'étude : virologie structurale
Dispositif technique et méthode d'étude : lapin, biotransformation, posologie, assemblage macromoléculaire, modélisation, diagnostic, prophylaxie, taxonomie, traduction, cristallographie macromoléculaire, détermination de structure atomique, protéomique, transcriptomique, typage de souche, diagnostic différentiel, approche thérapeutique, immunocytochimie, modèle expérimental, cytométrie, fluorimétrie, électrophorèse bidimensionnelle, chromatographie bidimensionnelle, pcr en temps réel, physiopathologie
Composé chimique, Facteur du milieu : vaccin, arn polymérase, structure atomique, antiviraux, parasite, capside virale, aflatoxine b1, fumonisine b1, antigène, anticorps monoclonal, risque environnemental, protéine prp, protéine du prion, cytokine, corps de negri, anthelminthique, benzimidazole, protéine, peptide, séquence interne, tert
Phénomène, processus et fonction : pharmacocinétique, infection, antibiorésistance, avortement, chlamydiose abortive, fièvre q, gastroentérite, réplication virale, influenza, cascade de signalisation, morphogénèse virale, tremblante du mouton, interactome, maladie de marek, réactivation, esst, déterminisme de la sensibilité, barrière d'espèce, réaction immunitaire cellulaire, persistance, fusion membranaire, bourgeonnement, résistance aux xénobiotiques, détoxification, digestion enzymatique, encéphalopathie spongiforme transmissible, évolution, transcription, épissage, infection expérimentale, zoonose, hépatite e
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Question sociétale et finalité, contexte : sécurité alimentaire, biodiversité microbienne, variabilité génétique
Démarche, discipline : Parasitologie, Immunologie, Virologie, Statistiques, Biologie cellulaire, Immunité innée
Echelle d'étude : virologie structurale
Dispositif technique et méthode d'étude : lapin, biotransformation, posologie, assemblage macromoléculaire, modélisation, diagnostic, prophylaxie, taxonomie, traduction, cristallographie macromoléculaire, détermination de structure atomique, protéomique, transcriptomique, typage de souche, diagnostic différentiel, approche thérapeutique, immunocytochimie, modèle expérimental, cytométrie, fluorimétrie, électrophorèse bidimensionnelle, chromatographie bidimensionnelle, pcr en temps réel, physiopathologie
Composé chimique, Facteur du milieu : vaccin, arn polymérase, structure atomique, antiviraux, parasite, capside virale, aflatoxine b1, fumonisine b1, antigène, anticorps monoclonal, risque environnemental, protéine prp, protéine du prion, cytokine, corps de negri, anthelminthique, benzimidazole, protéine, peptide, séquence interne, tert
Phénomène, processus et fonction : pharmacocinétique, infection, antibiorésistance, avortement, chlamydiose abortive, fièvre q, gastroentérite, réplication virale, influenza, cascade de signalisation, morphogénèse virale, tremblante du mouton, interactome, maladie de marek, réactivation, esst, déterminisme de la sensibilité, barrière d'espèce, réaction immunitaire cellulaire, persistance, fusion membranaire, bourgeonnement, résistance aux xénobiotiques, détoxification, digestion enzymatique, encéphalopathie spongiforme transmissible, évolution, transcription, épissage, infection expérimentale, zoonose, hépatite e
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- Description détaillée :
Champ 1 - Agents pathogènes : bio-agresseurs (bactéries, virus, parasites, micromycètes, agents non Afficher la suite
Champ 1 - Agents pathogènes : bio-agresseurs (bactéries, virus, parasites, micromycètes, agents non conventionnels transmissibles, autres) et agresseurs chimiques
Ce champ est dédié à la biologie des agents responsables (étiologie) des processus morbides. Les bactéries y sont indiquées car les équipes mixtes de MICA anciennement SA restent au sein des unités de SA et parce que les interactions avec les réponses cellulaires et tissulaires seront étudiées par les équipes SA. Le champ disciplinaire de MICA « Génomique, spéciation, plasticité et acquisition de fonction » correspond au sous champ 1.1. Le champ disciplinaire de MICA « Virulence, mécanisme de la pathogénie » (au sens du micro-organisme) correspond au sous champ 1.2. L'étude de la biologie des autres bio-agresseurs, virus, champignon, EST, parasites peut être décrite dans les sous-champs 1.1, 1.2, 1.3, 1.4. La pharmacologie et la toxicologie trouvent leur place dans ce champ par l'étude des déterminismes de la toxinogenèse (1.5). Enjeux socio-économiques et sanitaires globaux et non par CT Champ 1 - Agents pathogènes : bio-agresseurs (bactéries , virus, parasites, micromycètes, prions, autres) et agresseurs chimiques. Champ dédié à la biologie des agents responsables des processus infectieux et morbides.
1.1 - Génomique des agents pathogènes & déterminants moléculaires de pathogénicité
Connaissance des génomes (recours aux technologies à très haut débit); Diversité génétique des agents ; génomique et populations ou communautés ; Déterminisme génétique de la pathogénicité ; Diversité antigénique ; Adaptation des pathogènes aux hôtes, co-évolutions génétiques ; Connaissance des hôtes ; réservoirs ;
1.2 - Expression des génomes & fonctions
Connaissances « omiques » des agents pathogènes (sauf génomique, 1.1) ; intégration de ces connaissances ; Comportement biologique des pathogènes dans leurs milieux ; influence du milieu sur les pathogènes ; adaptations ; Fluctuations du pouvoir pathogène ;
1.3 - Pathogénicité à l’échelle moléculaire, biologie et chimie structurales
Bases structurales de la pathogénicité ou de l’immunogénicité ; Connaissance structurale des constituants du pathogène (génome, ARN, ARNi, protéines, …..) ; Interactions moléculaires entre constituants du pathogène et constituants de l’hôte (incluant dynamique, modélisation, prédiction d’interactions) ; Pharmacologie ou toxicologie inverse (prédiction basées sur la connaissance structurale de cibles) ; Bases moléculaire et structurale de l’action des agents toxiques ou thérapeutiques ;
1.4 - Applications de la biologie synthétique
Agents pathogènes recombinants ou mosaïques (visées cognitives concernant le pouvoir pathogène, objectifs vaccinaux) ; Protéines et protéines recombinantes ou mosaïques à visée diagnostique ou vaccinale ; Stratégies vaccinales novatrices (vaccins DIVA, vaccins ADN, …) ; Stratégies de diagnostic biologique ; développement d’outils du diagnostic ; Thérapie génique ou cellulaire
1.5 - Déterminisme moléculaire et cellulaire des dangers toxiques
Toxinogénèse,
Mécanismes contrôlant la formation, le transport ou le métabolisme de toxines biologiques ;
Bases moléculaires et cellulaires de la biodisponibilité et de l’action des molécules toxiques (contaminants, perturbateurs endocriniens ou métaboliques, ……) UMR : 12
UR : 4
USC : 3
UE : 3 INRA en ETP : 61 : environ 70 scientifiques et ingénieurs
non INRA en ETP: 47 : environ 100 scientifiques, ingénieurs et enseignants chercheurs Direction Générale de l'Enseignement et de la Recherche : Ecoles Nationales Vétérinaires de Alfort, Lyon, Nantes et Toulouse
Agence Française de la Sécurité Sanitaire des Aliments
CIRAD - Elevage et Médecine Vétérinaire
Office International des Epizooties
Institut Pasteur
Universités
INSERM, Hopitaux
Organismes partenaires européens Acteurs des filières de production et de transformation
DGAL et gestionnaires du risque
Acteurs industriels du domaine des vaccins, médicaments et diagnostic de la SA et SPV Réduire
Ce champ est dédié à la biologie des agents responsables (étiologie) des processus morbides. Les bactéries y sont indiquées car les équipes mixtes de MICA anciennement SA restent au sein des unités de SA et parce que les interactions avec les réponses cellulaires et tissulaires seront étudiées par les équipes SA. Le champ disciplinaire de MICA « Génomique, spéciation, plasticité et acquisition de fonction » correspond au sous champ 1.1. Le champ disciplinaire de MICA « Virulence, mécanisme de la pathogénie » (au sens du micro-organisme) correspond au sous champ 1.2. L'étude de la biologie des autres bio-agresseurs, virus, champignon, EST, parasites peut être décrite dans les sous-champs 1.1, 1.2, 1.3, 1.4. La pharmacologie et la toxicologie trouvent leur place dans ce champ par l'étude des déterminismes de la toxinogenèse (1.5). Enjeux socio-économiques et sanitaires globaux et non par CT Champ 1 - Agents pathogènes : bio-agresseurs (bactéries , virus, parasites, micromycètes, prions, autres) et agresseurs chimiques. Champ dédié à la biologie des agents responsables des processus infectieux et morbides.
1.1 - Génomique des agents pathogènes & déterminants moléculaires de pathogénicité
Connaissance des génomes (recours aux technologies à très haut débit); Diversité génétique des agents ; génomique et populations ou communautés ; Déterminisme génétique de la pathogénicité ; Diversité antigénique ; Adaptation des pathogènes aux hôtes, co-évolutions génétiques ; Connaissance des hôtes ; réservoirs ;
1.2 - Expression des génomes & fonctions
Connaissances « omiques » des agents pathogènes (sauf génomique, 1.1) ; intégration de ces connaissances ; Comportement biologique des pathogènes dans leurs milieux ; influence du milieu sur les pathogènes ; adaptations ; Fluctuations du pouvoir pathogène ;
1.3 - Pathogénicité à l’échelle moléculaire, biologie et chimie structurales
Bases structurales de la pathogénicité ou de l’immunogénicité ; Connaissance structurale des constituants du pathogène (génome, ARN, ARNi, protéines, …..) ; Interactions moléculaires entre constituants du pathogène et constituants de l’hôte (incluant dynamique, modélisation, prédiction d’interactions) ; Pharmacologie ou toxicologie inverse (prédiction basées sur la connaissance structurale de cibles) ; Bases moléculaire et structurale de l’action des agents toxiques ou thérapeutiques ;
1.4 - Applications de la biologie synthétique
Agents pathogènes recombinants ou mosaïques (visées cognitives concernant le pouvoir pathogène, objectifs vaccinaux) ; Protéines et protéines recombinantes ou mosaïques à visée diagnostique ou vaccinale ; Stratégies vaccinales novatrices (vaccins DIVA, vaccins ADN, …) ; Stratégies de diagnostic biologique ; développement d’outils du diagnostic ; Thérapie génique ou cellulaire
1.5 - Déterminisme moléculaire et cellulaire des dangers toxiques
Toxinogénèse,
Mécanismes contrôlant la formation, le transport ou le métabolisme de toxines biologiques ;
Bases moléculaires et cellulaires de la biodisponibilité et de l’action des molécules toxiques (contaminants, perturbateurs endocriniens ou métaboliques, ……) UMR : 12
UR : 4
USC : 3
UE : 3 INRA en ETP : 61 : environ 70 scientifiques et ingénieurs
non INRA en ETP: 47 : environ 100 scientifiques, ingénieurs et enseignants chercheurs Direction Générale de l'Enseignement et de la Recherche : Ecoles Nationales Vétérinaires de Alfort, Lyon, Nantes et Toulouse
Agence Française de la Sécurité Sanitaire des Aliments
CIRAD - Elevage et Médecine Vétérinaire
Office International des Epizooties
Institut Pasteur
Universités
INSERM, Hopitaux
Organismes partenaires européens Acteurs des filières de production et de transformation
DGAL et gestionnaires du risque
Acteurs industriels du domaine des vaccins, médicaments et diagnostic de la SA et SPV Réduire
- Champs de rattachement :
- Assemblage des virus à ADN double brin (ACR)
- Biologie moléculaire et structurale des rhabdovirus (virus de la rage et virus de la stomatite vésiculeuse) (ACR)
- Biologie moléculaire et structurale des rotavirus (ACR)
- Biologie Virus Aviaire - UR1282 (ACR)
- Caractérisation des différentes formes de prion, non associées aux cellules (ACR)
- Caractérisation phénotypique, moléculaire et fonctionnelle de Babesia et des interactions B. divergens - érythrocyte (ACR)
- Déterminisme moléculaire de la genèse et du métabolisme des mycotoxines (ACR)
- Dissémination des prions dans les tissus et risques sanitaires associés (ACR)
- Étude structurale des polymérases virales par cristallographie (ACR)
- Étude structurale des virus et de leur assemblage par microscopie électronique (ACR)
- Expérimentation en infectiologie (ACE)
- Expérimentation en infectiologie animale (ACE)
- Génétique des populations de la tique vectrice Ixodes ricinus et du protozoaire Babesia divergens (ACR)
- Génomique fonctionnelle des mycoplasmes (ACR)
- Imagerie - UR1282 (ACS)
- Ingénierie de l'expérimentation en infectiologie animale (ACS)
- Interaction des mycoplasmes avec leur hôte (ACR)
- Laboratoire de référence (ACS)
- Laboratoire Expertise Infection Animale - UR1282 (ACS)
- Maîtrise des mycoplasmoses de ruminants (ACR)
- Multirésistance et Pouvoir Pathogène des Nématodes - UR 1282 (ACR)
- Pathogènèse des Coccidioses - UR 1282 (ACR)
- Pharmacocinétique des médicaments antiparasitaires et acteurs moléculaires du contrôle de la biodisponibilité (ACR)
- Production de lignées de modèles expérimentaux (ACE)
- Régulation de la latence lors de l'infection par le virus herpes simplex de type I (HSV1) (ACR)
- Sensibilité des ruminants à l’infection par le virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV) (ACR)
- Souches de prion et transmission hétérospécifique: caractérisation et risques sanitaires associés (ACR)
- Viroses animales émergentes (ACR)
- Virus Influenza (ACR)
- Virus influenza : réservoir aviaire, évolution et mécanismes d’adaptation aux hôtes (ACR)
- Virus zoonotiques ét épizootiques : interactions virus-hôte (ACR)