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Métabolisme
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : végétal
Question sociétale et finalité, contexte : qualité organoleptique
Démarche, discipline : biochimie
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Objet d'étude : végétal
Question sociétale et finalité, contexte : qualité organoleptique
Démarche, discipline : biochimie
Dispositif technique et méthode d'étude : biochemical analysis
Composé chimique, Facteur du milieu : métabolite
Phénomène, processus et fonction : métabolisme
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- Description détaillée :
Notre objectif est de mieux comprendre le métabolisme et la manière dont il influence la production Afficher la suite
Notre objectif est de mieux comprendre le métabolisme et la manière dont il influence la production et la qualité de la biomasse végétale. Nos compétences variées (chimie analytique, biologie moléculaire, biochimie, physiologie, statistiques et bioinformatique) nous permettent d’aborder cette question par des approches où expérimentation et modélisation se succèdent. Nous souhaitons notamment aboutir à des modèles permettant de prédire la composition métabolique des fruits à partir de données génétiques et environnementales.


Thème 1: Modélisation intégrative du fruit de tomate

Un modèle combinant un fruit virtuel et un modèle cinétique du métabolisme central est développé en collaboration avec une équipe d’écophysiologistes (Michel Génard, PSH-INRA Avignon), trois équipes de théoriciens du métabolisme (David Fell, Oxford Brookes ; Jean-Pierre Mazat, Université Bordeaux Ségalen ; Johann Rohwer, Université de Stellenbosch) et deux autres équipes expérimentales (Lee Sweetlove, Oxford ; Alisdair Fernie, MPIMP-Golm) dans le cadre du projet Eranet Erasysbio+ FRIM.

Thème 2: Analyse des réseaux métaboliques

Une analyse des réseaux métaboliques, combinant une approche in silico (modes élémentaires, …) et une approche expérimentale (mesure de flux par marquages isotopiques) est développée en collaboration avec une équipe de bioinformaticiens de Bordeaux (M. Beurton-Aimar, LaBRi). Essentiellement centré sur le métabolisme central, il s’agit d’appréhender l’importance de la compartimentation dans la régulation des réseaux métaboliques, au travers de l’étude plus particulière de la vacuole et du développement d’une approche de fractionnement anhydre (collaboration avec Ana Paula Alonso, The Ohio State University, USA).

Thème 3: Régulation épigénétique du développement et de la qualité du fruit de tomate.

Les mécanismes épigénétiques sont d’importants facteurs contrôlant le développement des plantes. L’étude de leur rôle dans les fruits est abordée par (1) l’analyse de la fonction de gènes candidats, (gènes polycomb, ADN glycosylase lyases, etc.) (2) la caractérisation des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN, modification post-traductionnelle des histones) se produisant au cours du développement des fruits, en initiant des approches de type épigénomique, (3) l’analyse comparative des états épigénétiques entre les fruits des espèces cultivées et sauvages de tomate.
Ainsi l’analyse fonctionnelle des gènes codant les protéines constitutives des « Polycomb Repressive Complex 2 » (PRC2) démontre que ces complexes jouent un rôle important dans le développement de la fleur, la mise à fruit et le développement des fruits chez la tomate.
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- Champs de rattachement :
 

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