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Gestion des populations de poissons domestiques et sauvages
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : bar, brown trout, rainbow trout, salmonidés, salmonids, truite commune
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : Génétique animale
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Objet d'étude : bar, brown trout, rainbow trout, salmonidés, salmonids, truite commune
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : Génétique animale
Dispositif technique et méthode d'étude : corrélation génétique, genetic correlation, individual selection, sélection, sélection généalogique, sélection massale
Phénomène, processus et fonction : héritabilité, heritability
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- Description détaillée :
La domestication de la plupart des espèces de poisson d’élevage est récente. Dans de nombreux cas, Afficher la suite
La domestication de la plupart des espèces de poisson d’élevage est récente. Dans de nombreux cas, une partie des reproducteurs est encore prélevée dans le milieu naturel. Il subsiste ainsi une forte proximité génétique entre populations d’élevage et populations sauvages, avec des possibilités importantes d’échanges entre ces différents compartiments. Ces échanges peuvent être voulus (constitution de stocks domestiques, repeuplements) ou non (échappements).
La gestion et l’exploitation de la diversité génétique est donc abordée sous deux angles : la constitution et l’amélioration des populations domestiques d’élevage d’une part, l’impact de la domestication et du repeuplement sur la diversité des populations naturelles d’autre part.

Populations d’élevage et sélection: en France, tous les schémas de sélection, espèces d’eau douce et marine confondues, sont dérivés d’une procédure de sélection massale optimisée, mise au point par l’INRA (procédure PROSPER, Chevassus et al, 2004) pour exploiter les spécificités biologiques des espèces aquacoles et répondre aux contraintes socio-économiques des PME actrices de l’amélioration génétique.
Les recherches en cours, largement conduites en partenariat avec les professionnels de la sélection, ont pour objectif l’optimisation de ce schéma initial. Elles visent notamment à élargir la palette de caractères introduits dans l’index de sélection, en précisant les conditions d’introduction d’une information généalogique partielle (reconstituée à partir d’un petit nombre de marqueurs génétiques de type microsatellite) dans les schémas de sélection de seconde génération. Après les caractères de rendement de découpe et de qualité de la chair, l’introduction de caractères de résistance à des maladies virales ou bactériennes est un des objectifs prioritaires. L’arrivée massive d’information moléculaire ‘haut débit’ dans les principales espèces d’élevage (séquences génomiques complètes, puces SNP, voir activité Génétique et Génomique des poissons) permettra d’envisager dans un avenir proche le développement de procédures de sélection assistée par marqueurs, selon des modalités à définir compte tenu des spécificités des espèces aquacoles.
Une petite activité d’appui à la constitution des stocks domestiques (analyse de variabilité génétique) et à la conservation de la variabilité intra population est également développée.
Enfin, des démarches prospectives sur l’identification des objectifs de sélection de demain et la manière d’intégrer des objectifs de sélection sans valeur marchande avérée sont développées au travers de projets interdisciplinaires (collaborations avec les sciences humaines et sociales, approche par analyse des cycles de vie – ACV- pour évaluer l’impact environnemental du progrès génétique en fonction des objectifs de sélection).
Une partie de ces travaux est développée dans le cadre d’un Groupement de Recherche INRA-Ifremer (GDR « Amélioration génétique pour une pisciculture durable »), la truite arc-en-ciel et le bar étant les deux principales espèces concernées par les approches expérimentales mises en place dans ce cadre.

Populations naturelles, domestication et impacts du repeuplement : la difficulté pour mesurer un taux d’introgression dans une population autochtone soumise à repeuplement est l’identification correcte des allèles introduits et natifs. La mise au point de marqueurs d’introgression efficaces chez la truite commune, espèce indigène d’intérêt patrimoniale et récréatif, a permis un suivi géographique et temporel de l’impact du repeuplement sur le réseau hydrographique de plusieurs départements, conduisant à un aménagement des pratiques de repeuplement : des zones-conservatoires ont été mises en place et il a été montré que l’utilisation de souches locales peut constituer une option efficace pour une restauration relativement rapide de populations. L’objectif est maintenant de suivre l’évolution génétique et phénotypique au sein des populations autochtones au cours des premières générations de captivité afin d’identifier les changements génétiques et phénotypiques introduits par la domestication sur certains caractères d’intérêt : croissance, conformation, reproduction et comportement. Ces travaux sont développés en collaboration avec des écologistes (Département EFPA) et les gestionnaires des cours d’eau (fédérations départementales).
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- Champs de rattachement :
 

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