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Métabolisme intégré et Dynamique des systèmes métaboliques
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Objet d'étude : activité de recherche
Question sociétale et finalité, contexte : mission de recherche
Démarche, discipline : Autre (Sciences de l'ingénieur)
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Objet d'étude : activité de recherche
Question sociétale et finalité, contexte : mission de recherche
Démarche, discipline : Autre (Sciences de l'ingénieur)
Dispositif technique et méthode d'étude : analyse globale, biologie intégrative, fluxomique, modélisation métabolique
Phénomène, processus et fonction : adaptation métabolique, métabolisme, métabolomique
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- Description détaillée :
MetaSys = Métabolisme intégré et Dynamique des systèmes métaboliques

Créée en 2004 ex Afficher la suite
MetaSys = Métabolisme intégré et Dynamique des systèmes métaboliques

Créée en 2004 ex nihilo par deux jeunes chercheurs, l’équipe EAD 6 est dédiée à la compréhension du métabolisme microbien à l’échelle cellulaire.

L’équipe, qui regroupe aujourd’hui près de 15 personnes, a connu une forte croissance au cours des 3 dernières années et se classe aujourd’hui parmi les équipes les plus prometteuses tant au regard de son positionnement stratégique différenciant et novateur que de sa productivité scientifique.

C’est en effet sur une approche originale et encore peu développée que l’équipe MetaSys fonde ses travaux qui misent sur la complémentarité de méthodologies de pointe telles que la métabolomique, la fluxomique, la transcriptomique et la protéomique pour analyser les réponses des réseaux métaboliques aux changements génomiques ou environnementaux.

L’objectif final de ces travaux est de comprendre l’organisation, le fonctionnement et l’adaptation du métabolisme microbien pour des applications dans le domaine des biotechnologies par les approches du génie métabolique et de la biologie synthétique et dans le domaine de la santé pour comprendre les relations hôte - micro-organisme et notamment les bactéries pathogènes pour l’homme.


Une plateforme Métabolomique Fluxomique au cœur du projet scientifique

Incarnant la démarche scientifique et adossée à l’équipe, la plateforme Métabolomique Fluxomique apporte la réponse méthodologique à cet objectif d’étude globale du métabolisme à l’échelle cellulaire et de l’organisme entier en permettant une analyse qualitative et quantitative de l’ensemble des métabolites au sein d’un organisme vivant.

Cette plate forme, créée en 2004 et intégrée au sein du réseau MetaToul qui compte parmi les 2 plus importants centres français, permet à l’équipe MetaSys de se positionner sur le front de l’innovation et du développement méthodologique et de répondre aux questionnements scientifiques nouveaux s’intéressant sur l’analyse des flux métaboliques.


Réseau de partenaires académiques et partenariat stratégique avec entreprises innovantes

De par ses thématiques et son approche novatrices, l’équipe MetaSys a développé un réseau de collaborations ciblées avec des laboratoires académiques au sein de l’INRA ou dans le cadre de programmes ANR, européens (PCRD7) ou bilatéraux notamment en Suisse, Allemagne et Belgique.

L’EAD6 se positionnant très en amont sur l’acquisition de connaissances, la stratégie de collaborations avec le monde économique se définit par des partenariats originaux sous la forme de projets dédiés.

Si des partenariats ont été mis en place avec des laboratoires pharmaceutiques tels que Sanofi aventis ou Pierre Fabre dans le cadre de projets de R&D, la capacité de développement méthodologique très en amont et très pointue de l’équipe a permis d’initier en 2010 un partenariat étroit avec une jeune start-up toulousaine. En apportant son expertise technologique et scientifique à Ambiotis, première CRO à proposer une approche fonctionnelle de la réponse inflammatoire et de l’immunostimulation pour la preuve de concept des nouvelles molécules, l’équipe MetaSys, bien-au-delà d’une simple collaboration, soutient le développement de cette entreprise innovante et lui permet de rester sur le front de l’innovation et de renforcer sa compétitivité.


Exemples de Projets : de la bioraffinerie à la microflore intestinale

Sur l’axe biologie synthétique et génie métabolique, l’EAD6 est impliquée dans plusieurs gros projets de recherche s’intégrant dans une démarche de substitution du carbone et de valorisation de la biomasse végétale pour la production d’énergie renouvelable ou de produits de commodité.

Le projet 3BCAR : "Bioénergies, Biomolécules et Biomatériaux du CArbone Renouvelable" a ainsi pour objectif de concevoir une nouvelle filière biotechnologique pour la production de molécules d’intérêt à partir de la biomasse végétale. Porté par l’INRA et regroupant 400 scientifiques dont le pôle toulousain, 3BCAR fédère une offre de compétences depuis la plante jusqu’à l’écoconception et propose un guichet d’entrée unique pour les entreprises intéressées par les utilisations du carbone renouvelable.

Lancé en mars 2010, BIOCORE est un projet européen (PCRD7) regroupant 23 partenaires qui s’intéresse au concept de bioraffinerie. Au sein de ce projet qui vise à la transformation de la biomasse en biocarburants de deuxième génération et en divers produits industriels (molécules chimiques, polymères plastiques biodégradables), l’équipe du LISBP apporte son expertise du métabolisme microbien et sa plateforme labellisée plateforme de référence pour le projet.

Sur la 2e thématique s’intéressant à la compréhension des relations hôte – microorganismes, l’EAD6 est impliquée dans un projet de biologie intégrative s’intéressant à la microflore intestinale et aux relations entre souches commensales et bactéries pathogènes. L’idée est ici de comprendre la physiologie des souches pathogènes, telles que coli qui est aussi un acteur normal de la physiologie du tube digestif, et le rôle du métabolisme comme déterminant de la pathogénéicité. Une découverte récente, issue d’une collaboration entre le LISBP et l’ENVT, a ainsi permis de découvrir une nouvelle toxine colique produite à la fois par les souches pathogènes et commensales. Avec à la clef une question : comment et pourquoi une toxine non pathogène en conditions normales devient virulente ? Réduire

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