Ecologie microbienne et Biodiversité
(ACR)
(ACR)
- Animateur principal Jean-Jacques Godon
- Adresse INRA-NARBONNE avenue des Étangs 11100 Narbonne
- Téléphone +33 (0) 4 68 42 51 54
- Fax 04 68 42 51 60
- E-mail godon [at] supagro.inra.fr
- Site Web http://www.montpellier.inra.fr/narbonne
- Unité leader Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement
- Unités participantes
-
Centres
Montpellier
-
Départements
Environnement et Agronomie
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude :
bactérie,
microorganisme,
pathogen,
pathogène
Question sociétale et finalité, contexte : air quality, biodiversité, biodiversité microbienne, contexte environnemental, diversité, diversity, enjeu scientifique, intérêt scientifique, microbiological quality, production scientifique, qualité de l'air, respect de l'environnement, risque pour la santé, sustainable development, water quality
Démarche, discipline : Analyse classique, Analyse de données Statistiques et Probabilités, Analyse numérique, Analysis of PDEs, Automatic Control Engineering, Automatique, Biochemistry, Molecular Biology
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Question sociétale et finalité, contexte : air quality, biodiversité, biodiversité microbienne, contexte environnemental, diversité, diversity, enjeu scientifique, intérêt scientifique, microbiological quality, production scientifique, qualité de l'air, respect de l'environnement, risque pour la santé, sustainable development, water quality
Démarche, discipline : Analyse classique, Analyse de données Statistiques et Probabilités, Analyse numérique, Analysis of PDEs, Automatic Control Engineering, Automatique, Biochemistry, Molecular Biology
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Objet d'étude :
bactérie,
microorganisme,
pathogen,
pathogène
Question sociétale et finalité, contexte : air quality, biodiversité, biodiversité microbienne, contexte environnemental, diversité, diversity, enjeu scientifique, intérêt scientifique, microbiological quality, production scientifique, qualité de l'air, respect de l'environnement, risque pour la santé, sustainable development, water quality
Démarche, discipline : Analyse classique, Analyse de données Statistiques et Probabilités, Analyse numérique, Analysis of PDEs, Automatic Control Engineering, Automatique, Biochemistry, Molecular Biology
Echelle d'étude : amplitude écologique, aquatic ecosystem, artificial ecosystem, biocénose, capacité à innover, chaîne trophique, communauté bactérienne, communauté microbienne, communauté planctonique, compartiment biologique, competition, digestive system, directive cadre sur l'eau, eau de surface, ecological niche, ecosystem, ecosystème, écosystème, écosystème anaérobie, écosystème artificiel, écosystème digestif, écosystème microbien, écosystème modelisé, environment, environnement, filière de traitement, flore bactérienne, flore complexe, flore de barrière, flore digestive, flore fécale, flore mésophile, flore mixte, flore pathogène, food chain, gastrointestinal tract, gene pool, génome bactérien, impact sanitaire, interface gaz liquide, international, microbial community, microcosm, microcosme, microflore anaérobie, microflore pathogène, microflore symbiotique, microflore totale, milieu anthropisé, niveau de contamination, partenariat euroméditerranéen, partenariat privé, réseau trophique, réservoir de pathogènes, retention time, temps de génération, temps de rétention, temps de sejour, trait fonctionnel, voie métabolique, voie sèche
Localisation géographique : aude, europe, france, languedoc roussillon, littoral méditerranéen, mediterranean countries, mediterranean region, pays tempéré, pays tropical, région méditerranéenne, sud de la france
Dispositif technique et méthode d'étude : abondance d'espèces, abondance des populations, acp, adn fingerprint, air conditionné, alignement de séquences, amélioration de la performance, amplification d'adn, amplification en chaîne par la polymérase, amplification par pcr, anaerobic treatment, analyse bactériologique, analyse biochimique, analyse biologique, analyse d'image, analyse de données multidimensionnelles, analyse de feces, analyse de l'eau, analyse de l'espace de tete, analyse de la variance, analyse de raréfaction, analyse de régression, analyse de séquences, analyse de série temporelle, analyse du signal, analyse factorielle de correspondance, analyse in silico, analyse microbiologique, analyse moléculaire, analyse multivariable, analyse phylogénétique, analyse physicochimique, analyse procruste, analyse régression, analyse sscp, analyse statistique, analyseur de gaz, analyse variance, analysis of variance, analysis using distance indices, analytical methods, analytical techniques, anova, appareil mesure densité optique, approche déterministe, approche expérimentale, approche moléculaire, artificial medium, autoclavage, autoclaving, automated data processing, bacterial counting, bain marie, balance, banque d'adn, basic local alignment search tool, batch, batch culture, bibliographic search, bibliographie, bilan matière, bioaérosol, bioassay, biochemical analysis, biofilter, biofiltration, biofiltre, biohydrogène, bioinformatique, biological indicators, bioprocédé, bioprocédé continu, bioréacteur, bioréacteur anaérobie, bioréacteur continu, biplot, bootstrap, boue activée, broyage à bille, broyage mécanique, broyeur, cahier de laboratoire, calcul d'indice, calibration, capillary electrophoresis, capteur logiciel, caractérisation moléculaire, cell count, centrifugation, centrifugation sur gradient, chambre climatisée, chambre de culture, chambre froide, chemical cleaning, chemical treatment, chemostat, chromatogramme, cinétique de croissance, cinétique de monod, clonage de gène, cluster analysis, clustering, coculture, co-culture, coefficient de corrélation, coefficient de régression, colonne à bulles, coloration au dapi, comparaison de séquences, complex system, composé antimicrobien, composé fluorescent, compostage, composting, comptage cellulaire, comptage de cellules, comptage de microorganismes, condition aseptique, condition contrôlée, condition expérimentale, conditionnement sous gaz inerte, congélateur, conservation au froid, corrélation linéaire, courbe de croissance, cryoconservation, culture de bactérie, culture de microorganismes, culture en batch, culture en continu, culture en discontinu, dapi, dendrogramme, dénombrement microbien, dépollution, dépollution azotée, dépollution biologique, dépollution carbonée, descriptive statistics, détection pcr, diagramme de phase, digesteur, digesteur anaérobie, distance euclidienne, distance génétique, DNA fingerprinting, donnée expérimentale, ecological indicators, écologie microbienne, électrophorèse, électrophorèse capillaire, électrophorèse sscp, électrophorèse sur gel d'agarose, électroporation, e-mail, empreinte moléculaire, enceinte aseptique, épuration biologique, équation différentielle, équipement frigorifique, équipement informatique, estimateur, estimation de paramètres, étuve, expérimentation en laboratoire, expérimentation longue durée, extraction d'adn, génie génétique, microcosme indoor, modélisation, modelling, procédé
Composé chimique, Facteur du milieu : facteur anthropique, facteur environnement
Phénomène, processus et fonction : digestion anaérobie
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Question sociétale et finalité, contexte : air quality, biodiversité, biodiversité microbienne, contexte environnemental, diversité, diversity, enjeu scientifique, intérêt scientifique, microbiological quality, production scientifique, qualité de l'air, respect de l'environnement, risque pour la santé, sustainable development, water quality
Démarche, discipline : Analyse classique, Analyse de données Statistiques et Probabilités, Analyse numérique, Analysis of PDEs, Automatic Control Engineering, Automatique, Biochemistry, Molecular Biology
Echelle d'étude : amplitude écologique, aquatic ecosystem, artificial ecosystem, biocénose, capacité à innover, chaîne trophique, communauté bactérienne, communauté microbienne, communauté planctonique, compartiment biologique, competition, digestive system, directive cadre sur l'eau, eau de surface, ecological niche, ecosystem, ecosystème, écosystème, écosystème anaérobie, écosystème artificiel, écosystème digestif, écosystème microbien, écosystème modelisé, environment, environnement, filière de traitement, flore bactérienne, flore complexe, flore de barrière, flore digestive, flore fécale, flore mésophile, flore mixte, flore pathogène, food chain, gastrointestinal tract, gene pool, génome bactérien, impact sanitaire, interface gaz liquide, international, microbial community, microcosm, microcosme, microflore anaérobie, microflore pathogène, microflore symbiotique, microflore totale, milieu anthropisé, niveau de contamination, partenariat euroméditerranéen, partenariat privé, réseau trophique, réservoir de pathogènes, retention time, temps de génération, temps de rétention, temps de sejour, trait fonctionnel, voie métabolique, voie sèche
Localisation géographique : aude, europe, france, languedoc roussillon, littoral méditerranéen, mediterranean countries, mediterranean region, pays tempéré, pays tropical, région méditerranéenne, sud de la france
Dispositif technique et méthode d'étude : abondance d'espèces, abondance des populations, acp, adn fingerprint, air conditionné, alignement de séquences, amélioration de la performance, amplification d'adn, amplification en chaîne par la polymérase, amplification par pcr, anaerobic treatment, analyse bactériologique, analyse biochimique, analyse biologique, analyse d'image, analyse de données multidimensionnelles, analyse de feces, analyse de l'eau, analyse de l'espace de tete, analyse de la variance, analyse de raréfaction, analyse de régression, analyse de séquences, analyse de série temporelle, analyse du signal, analyse factorielle de correspondance, analyse in silico, analyse microbiologique, analyse moléculaire, analyse multivariable, analyse phylogénétique, analyse physicochimique, analyse procruste, analyse régression, analyse sscp, analyse statistique, analyseur de gaz, analyse variance, analysis of variance, analysis using distance indices, analytical methods, analytical techniques, anova, appareil mesure densité optique, approche déterministe, approche expérimentale, approche moléculaire, artificial medium, autoclavage, autoclaving, automated data processing, bacterial counting, bain marie, balance, banque d'adn, basic local alignment search tool, batch, batch culture, bibliographic search, bibliographie, bilan matière, bioaérosol, bioassay, biochemical analysis, biofilter, biofiltration, biofiltre, biohydrogène, bioinformatique, biological indicators, bioprocédé, bioprocédé continu, bioréacteur, bioréacteur anaérobie, bioréacteur continu, biplot, bootstrap, boue activée, broyage à bille, broyage mécanique, broyeur, cahier de laboratoire, calcul d'indice, calibration, capillary electrophoresis, capteur logiciel, caractérisation moléculaire, cell count, centrifugation, centrifugation sur gradient, chambre climatisée, chambre de culture, chambre froide, chemical cleaning, chemical treatment, chemostat, chromatogramme, cinétique de croissance, cinétique de monod, clonage de gène, cluster analysis, clustering, coculture, co-culture, coefficient de corrélation, coefficient de régression, colonne à bulles, coloration au dapi, comparaison de séquences, complex system, composé antimicrobien, composé fluorescent, compostage, composting, comptage cellulaire, comptage de cellules, comptage de microorganismes, condition aseptique, condition contrôlée, condition expérimentale, conditionnement sous gaz inerte, congélateur, conservation au froid, corrélation linéaire, courbe de croissance, cryoconservation, culture de bactérie, culture de microorganismes, culture en batch, culture en continu, culture en discontinu, dapi, dendrogramme, dénombrement microbien, dépollution, dépollution azotée, dépollution biologique, dépollution carbonée, descriptive statistics, détection pcr, diagramme de phase, digesteur, digesteur anaérobie, distance euclidienne, distance génétique, DNA fingerprinting, donnée expérimentale, ecological indicators, écologie microbienne, électrophorèse, électrophorèse capillaire, électrophorèse sscp, électrophorèse sur gel d'agarose, électroporation, e-mail, empreinte moléculaire, enceinte aseptique, épuration biologique, équation différentielle, équipement frigorifique, équipement informatique, estimateur, estimation de paramètres, étuve, expérimentation en laboratoire, expérimentation longue durée, extraction d'adn, génie génétique, microcosme indoor, modélisation, modelling, procédé
Composé chimique, Facteur du milieu : facteur anthropique, facteur environnement
Phénomène, processus et fonction : digestion anaérobie
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- Description détaillée :
Ces dernières années, une problématique cruciale en Ecologie Microbienne a été de renseigner l’ Afficher la suite
Ces dernières années, une problématique cruciale en Ecologie Microbienne a été de renseigner l’étendue de la diversité microbienne dans les écosystèmes où les microorganismes jouent un rôle clé dans le fonctionnement global. En ce sens, les procédés de dépollution, et en particulier les procédés de digestion anaérobie, étaient de parfaits modèles d’étude. Le LBE a su très tôt prendre la mesure de cet enjeu et tirer parti des méthodes moléculaires alors émergentes pour inventorier – dès 1997 – la diversité microbienne présente. Depuis, bien d’autres écosystèmes ont été inventoriés et il est apparu que quel que soit l’écosystème microbien retenu, une prodigieuse diversité taxonomique est présente. Nos interrogations sur l’étendue de cette diversité microbienne ont ainsi fait place à des questionnements sur (i) les mécanismes d’émergence de la diversité, (ii) le rôle que peut jouer la redondance fonctionnelle des espèces et (iii) l’impact du maintien de fortes diversités dans le fonctionnement des écosystèmes (en terme de performance et de stabilité). En répondant à ces nouvelles pistes de recherche, l’ambition est de devenir acteur via les microbes dans l’objectif de profiter des compétences du LBE en Ingénierie des Procédés pour trouver des nouveaux leviers permettant d’agir sur les écosystèmes. Les microorganismes impliqués dans les procédés de dépollution sont en effet en immense majorité non cultivables, possèdent de fortes redondances fonctionnelles et établissent un maillage d’interactions complexes. Ces écosystèmes ne peuvent donc se résumer à la somme de quelques bactéries connues et fonctionnellement bien caractérisées. L’écosystème doit ainsi être étudié dans sa globalité, piloté le plus finement possible et les microorganismes doivent être observés avec des outils moléculaires suffisamment génériques. Ce défi comporte plusieurs aspects : connaître les microbes, comprendre l’écosystème et trouver des moyens d’action innovants. Pour y parvenir, nous concentrons nos recherches sur la diversité microbienne en essayant de répondre aux questions suivantes : Comment améliorer la mesure de la diversité ? Quel est son rôle ? Quelle est sa genèse et comment se maintient-elle ? L’originalité de notre démarche a consisté à travailler sur des écosystèmes réels (approche in vivo) et en comparaison avec des écosystèmes virtuels (approche in silico). Notre intérêt porte à la fois sur les micro-organismes actifs au sein des procédés mais aussi sur la survie des micro-organismes indésirables ou pathogènes qui sont disséminés dans l’environnement à partir des procédés de dépollution via l’eau, l’air ou l’épandage. De plus, l’organisation thématique du LBE nous permet d’avoir accès à des procédés de laboratoire qui peuvent être assimilés à des microcosmes d’écosystèmes complets en conditions finement contrôlées, contrairement aux écosystèmes microbiens naturels (e.g. système digestif, sol, rivière). Ceci étant, ces questions autour de la diversité étant génériques à tous les écosystèmes microbiens, nous nourrissons notre recherche d’échanges toujours très riches avec d’autres équipes (INRA ou non) qui travaillent sur d’autres écosystèmes microbiens (humain, rumen, lapin, sol, etc). Les chercheurs du LBE sont en outre fortement impliqués dans la mise en place du métaprogramme Métagénome et Ecosystèmes Microbiens porté par le département MICA. Réduire