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Génomique et variabilité génétique des bovins
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : bovin, bovin allaitant, bovin laitier
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : Génétique animale
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Objet d'étude : bovin, bovin allaitant, bovin laitier
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : Génétique animale
Dispositif technique et méthode d'étude : analyse statistique, base de données nationale, sélection
Composé chimique, Facteur du milieu : caractère fonctionnel, fertilité
Phénomène, processus et fonction : longévité, résistance aux mammites
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- Description détaillée :
L’analyse du déterminisme génétique de différents caractères, en particulier de qualité des Afficher la suite
L’analyse du déterminisme génétique de différents caractères, en particulier de qualité des produits et d’adaptation, est conduite à partir de dispositifs de recherche en unités expérimentales (Le Pin, Bourges, Carmaux) ou construits en ferme avec nos partenaires professionnels à des fins de sélection génomique. Les programmes PhenoFinLait (ANR 2009-11) et Qualvigene visent plus particulièrement la composition fine du lait d’une part, la tendreté de la viande d’autre part. En termes d’adaptation, des projets sur la santé de la vache laitière et la précocité de la vache allaitante sont lancés au Pin et à Bourges. Nous contribuons aussi à l’extension du contrôle de performances à de nouveaux phénotypes, en particulier différents caractères de santé et d’adaptation, à une double fin d’analyse de leur déterminisme et de sélection. Nous contribuons également à la recherche d’un contrôle génétique par l’hôte de la flore ruminale et la production de méthane. En parallèle, un effort tout particulier est mis en œuvre pour le dépistage des anomalies génétiques dans le cadre de l’Observatoire National des Anomalies Bovines.
Les mutations responsables de la variabilité des caractères sont recherchées en tirant profit des nouveaux outils de génomique à haut débit. L’approche générale implique trois étapes : a) Les animaux sont d’abord génotypés à l’aide de puces SNP à haut débit. La combinaison de grands dispositifs, de ces outils de génotypage et de l’utilisation du déséquilibre de liaison conduit à une excellente précision de cartographie des zones chromosomiques impliquées dans la variabilité des caractères. b) La mutation causale est ensuite recherchée dans la séquence de cette région. Ainsi, l’objectif du programme CartoSeq (ANR 2011-2013) est d’identifier les mutations causales d’un grand nombre de QTL finement cartographiés à partir du séquençage du génome complet de plusieurs dizaines d’individus. La même stratégie est utilisée pour caractériser les gènes responsables des anomalies comme SHGC, l’Atrésie du colon, différentes Ataxies, ainsi que d’anomalies de cornage. c) Enfin, des travaux de validation génétique et fonctionnelle démontrent la nature causale de ces mutations.
En amont, des travaux sont conduits sur la structure et le fonctionnement du génome bovin, garant d’une bonne compréhension des mécanismes impliqués dans l’hérédité. Le projet ANR Regulomix (ANR 2010-12) vise à analyser l’impact de SNP présents dans les séquences régulatrices des gènes, avec l’hypothèse que ces polymorphismes peuvent avoir un effet causal.
Le projet ANR Epigrani vise à analyser l’intégrité génétique des clones par comparaison de la séquence d’animaux et de leurs clones, en vue de mesurer le taux de mutation associé à la technique du clonage. Ce même programme permet aussi d’analyser les patrons de méthylation des clones et plus généralement d’investir dans l’analyse des phénomènes épigénétiques.
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- Champs de rattachement :
 

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