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Génomique fonctionnelle des champignons
(ACR)
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Récemment, l'étude des gènes de pathogénie chez les champignons est passée à l'échelle Afficher la suite
Récemment, l'étude des gènes de pathogénie chez les champignons est passée à l'échelle génomique.
Nous avons entamé une approche génomique chez B. cinerea en produisant 6598 Expressed Sequence Tags en collaboration avec le Génoscope http://www.genoscope.cns.fr/). Parmi ces ESTs, 2855 gènes uniques ont été identifiés puis déposés sur des macroarrays afin de suivre leur expression dans différents états physiologiques du champignon ou dans différents contextes génétiques (souches sauvages et mutantes. Ensuite les gènes sont clusterisés selon leur profil d'expression. C'est actuellement notre stratégie principale pour identifier de nouveaux facteurs de pathogénie.
Nous recherchons ainsi des gènes :
- exprimés au cours du métabolisme secondaire,
- exprimé in planta (Vitis vinifera, Arabidopsis thaliana),
- réprimés chez les mutants non-pathogènes,
- en aval de voies de transduction,
- spécifiques de la pourriture noble... Analyse fonctionnelle du génome de Botrytis cinerea
Botrytis cinerea (forme imparfaite du téléomorphe Botryotinia fuckeliana) est l'agent responsable de la pourriture grise sur plus de 200 plantes-hôtes.
Il occasionne de ce fait des dommages importants sur les cultures et notamment sur la vigne.
Qualifié de polyphage, B. cinerea est en fait un complexe d'espèces dans lequel des populations distinctes pourraient être adaptées à différents hôtes.
En combinant les outils génétiques et moléculaires mis au point sur B. cinerea, nous tachons d'élucider le déterminisme moléculaire de son processus infectieux.
La transformation génétique et la recombinaison homologue sont efficaces chez B. cinerea , ce qui rend l'inactivation de gène possible . En utilisant cette stratégie, des mutants KO ont été produits pour une dizaine de gènes candidats. Leur caractérisation met en évidence les étapes successives de l'infection. Réduire

- Champs de rattachement :
 

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