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Bioinformatique
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : populations animales
Question sociétale et finalité, contexte : diversité, genetic variability
Démarche, discipline : Génétique animale, Génétique des populations, informatique
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Objet d'étude : populations animales
Question sociétale et finalité, contexte : diversité, genetic variability
Démarche, discipline : Génétique animale, Génétique des populations, informatique
Dispositif technique et méthode d'étude : algorithme, banque de données, comparaison multiple, modèle, séquence nucleique
Composé chimique, Facteur du milieu : adn, protéine, séquence de protéines
Phénomène, processus et fonction : homologie
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- Description détaillée :
Algorithmique - Informatique (programmation, bases de données)
Modèles biologiques étudiés :
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Algorithmique - Informatique (programmation, bases de données)
Modèles biologiques étudiés :
ARN ribosomiques (modélisation des structures secondaires, comparaison et alignement en séquence et en structure, constitution de bases de données) ;
banques des séquences de protéines (recherche de domaines conservés, alignements multiples de régions homologues).
Moyens spécifiques : outils informatiques généraux de l'analyse des génomes. La manipulation de très nombreuses séquences, et leur"alignement"simultané demeure un problème ouvert. La conception d'algorithmes originaux, reposant sur l'expertise des biologistes est un domaine de recherche très concurrentiel. La mise à disposition rapide (sur les réseaux informatiques) est une nécessité. Outils de base des chercheurs en biologie moléculaire impliqués dans les programmes systématiques d'analyse des génomes : conception d'oligonucléotides, systématique, phylogénie, relations entre structure et fonction des macromolécules, modélisation 3D des molécules. Organisation de sessions de formation spécialisée en analyse de séquences (DEA, école doctorale des sciences de la vie à Toulouse, chercheurs de la région).
Principales collaborations :
- Groupe de recherche"PRODOM"(D Kahn, Biologie moléculaire des relations Plantes Microorganismes, Toulouse).
- Laboratoire de Biologie Moléculaire des Eucaryotes (B Michot, JP Bachellerie, CNRS Toulouse).Élaborer des algorithmes de comparaison de séquences (ADN, ARN, protéines), permettant la manipulation de (très) nombreuses séquences, dans le but de mettre en évidence des homologies entre séquences ou parties de séquences appartenant à des gènes différents (de plusieurs espèces, ou d'une même famille multigénique).
Développer les outils informatiques correspondants et les mettre à disposition des biologistes. Algorithme "RNALIGN" d'alignement de séquences d'ARN permettant de respecter les conservations des structures primaire et secondaire (première solution de ce problème). Réduire

- Champs de rattachement :
 

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