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L'étude de la variabilité génétique des caractères nécessite l'utilisation de modèles génétiques et Afficher la suite

L'étude de la variabilité génétique des caractères nécessite l'utilisation de modèles génétiques et statistiques variés (estimation des composantes de la variance, analyse de ségrégation). Elle intègre de plus en plus des données de biologie moléculaire (génotypes, données d'expression) et nécessite le plus souvent le développement de méthodes et d'outils statistiques prenant en compte les spécificités des populations animales (populations " outbred ", pedigrees complexes). Les travaux reposent sur l'utilisation des bases de données nationales ou fournies par la profession, mais également et surtout sur les données issues des 4 unités expérimentales porcines du département de génétique animale rattachées scientifiquement à la SGQA ; ces unités expérimentales constituent un outil irremplaçable pour l'étude fine de la variabilité génétique des caractères d'intérêt (étude de nouveaux caractères, mise en évidence et étude des effets de gènes individuels). Nos travaux reposent sur une démarche à caractère fortement pluridisciplinaire, qui nécessite un dialogue permanent et de nombreuses collaborations avec les collègues de génétique moléculaire, des autres disciplines des productions animales et des partenaires professionnels. Les progrès spectaculaires de la génétique moléculaire, des méthodes statistiques et de l'informatique appliquée à la biologie permettent d'approfondir la connaissance du fonctionnement du génome et de la variabilité génétique des caractères d'intérêt. Les expérimentations de génétique animale ont généralement des durées importantes. La durée de quelques expérimentations sont présentées à titre d'exemple ci-dessous :
. 2000- 2007: expérience de sélection sur l'ingestion ;
. 1998-2006 : Recherche de QTL dans des familles de Large White ou Landrace français ;
. 1998- : cartographie fine de QTL ;
. 1998-2008 : porcs biomédicaux.
Comme l'ensemble des filières animales, la filière porcine vit depuis quelques années de profondes mutations liées à la mondialisation des échanges et à l'évolution des attentes de nos concitoyens en matière de qualité et de sécurité de l'alimentation, de respect de l'environnement et de bien être de l'animal. L'enjeu pour les filières est le nécessaire maintien de leur compétitivité et le souhait d'une meilleure adéquation de la production aux attentes sociales. Les problèmes liés à la propriété intellectuelle des résultats des recherches sur le génome constituent également un enjeu majeur pour l'avenir des organisations de sélection. L'objectif est de mieux connaître la variabilité génétique des caractères d'intérêt dans le cadre de l'amélioration génétique des populations porcines. Cela concerne bien sûr les caractères traditionnellement utilisés en sélection comme la reproduction, la croissance et la composition corporelle, mais également les caractères nouveaux comprenant l'efficacité alimentaire, les qualités de la viande et du gras, les aptitudes maternelles des truies, ou encore la résistance génétique aux maladies. Pour certains caractères, il s'agit en plus de localiser et d'identifier les gènes à effets importants à l'aide des outils de biologie moléculaire et des techniques statistiques les plus appropriées. Par extension, l'étude de la variabilité génétique est également réalisée sur des porcs biomédicaux qui présentent des caractères d'intérêt pour la médecine humaine (mélanomes, athérosclérose). - Mise en évidence, identification et localisation du gène RN à effet majeur sur la qualité de la viande de porc ;
- Localisation de plusieurs dizaines de QTL affectant les principaux caractères d'intérêt économique chez le porc ;
- Mise en évidence de gènes à effet majeur sur la teneur en muscle de la carcasse, teneur en androsténone du gras du porc mâle entier, le nombre de tétines, la teneur en lipides intramusculaires ;
- Évaluation des effets de la sélection pratiquée entre 1977 et 1998 sur les développements sexuels mâle et femelle, la prolificité et les aptitudes maternelles des truies ;
- Comparaison de l'intérêt de méthodes multicaractères pour la détection de QTL ;
- Élaboration d'un logiciel de détection de QTL pour des populations structurées en familles de pleins frères et demi-frères (QTLMAP) ;
- Mise en évidence d'effets interactifs entre les gènes majeurs HAL et RN. Cette activité de recherche vise à approfondir les connaissances sur la variabilité génétique des caractères d'intérêt chez le porc. Les programmes de recherche en cours comportent des études sur : (1) la variabilité génétique de nouveaux caractères (teneurs en lipides intramusculaires, caractéristiques des fibres musculaires, ingestion, qualités maternelles, résistance génétique aux maladies, (2) la mise en évidence, la localisation, l'identification et l'étude des effets de gènes à effets majeurs, (3) la détection, la localisation et la cartographie fine de locus à effets quantitatifs (QTL) Réduire