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Plateforme GeT Biopuces
(ACS)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : transcriptome
Démarche, discipline : génomique
Dispositif technique et méthode d'étude : biostatistique, détection
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Objet d'étude : transcriptome
Démarche, discipline : génomique
Dispositif technique et méthode d'étude : biostatistique, détection
Composé chimique, Facteur du milieu : biochip
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- Description détaillée :
Une plateforme dédiée aux biopuces et un réseau toulousain Génome & Transcriptome

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Une plateforme dédiée aux biopuces et un réseau toulousain Génome & Transcriptome

Créée en 1999 et implantée sur le site de l’INSA Toulouse, la plateforme Biopuces est une concrétisation de la démarche pionnière initiée au sein du LISBP en matière de valorisation et de multidisciplinarité. Intégrée dans la dynamique nationale mise en place autour des technologies du génome, la plateforme Biopuces allie les savoir-faire et les équipements permettant de produire des biopuces pangénomiques ou à façon et de réaliser des expériences de génomique et transcriptomique.

Labellisée au niveau national comme Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie au sein du GIS IBISA, la plateforme est certifiée ISO 9001 depuis mai 2010 et est ouverte à la communauté scientifique publique et privée.

6 personnes travaillent actuellement sur la plateforme, qui est étroitement associée aux travaux et aux équipes de recherche du LISBP.

Sur le site toulousain, la plateforme Biopuces est un des membres fondateurs de la plateforme GeT (Génome et Transcriptome) qui fédère 2 plateformes et 3 plateaux techniques de haut niveau : deux sites de génomiques, GeT-PlaGe (Génomique) et GeT-Purpan, un plateau dédié à la transcriptomique quantitative (GeT-TQ à Rangueil), un plateau GeT-TRIX dédié à l’analyse de données sur puces Agilent du pole toxicologie alimentaire de Tournefeuille et la plateforme INSA GeT-Biopuces.


Biopuces made in Toulouse

Spécialisée dans la production, l’analyse et le développement de biopuces à ADN et à protéines, la plateforme a deux missions :

* Une mission de R&D menée dans le cadre de programmes de recherche pluridisciplinaires associant des spécialistes de micro, nanotechnologies, et de chimie, s’intéressant aux problématiques de biopatterning ainsi que de biodétection et visant la mise au point de biopuces de nouvelle génération. Deux spin-off ont été créées à partir de ces développements technologiques brevetés : Nanobiochips et DendriS.
* Une mission de service à travers la mise à disposition des outils et des compétences permettant de concevoir des puces à ADN et protéines à façon, de conduire des analyses de transcriptomique et de génomique tout en menant à bien des expérimentations d’hybridations et d’interactions moléculaires sur divers systèmes biologiques.


Domaines de compétences & Prestations

Ouverte à la communauté scientifique académique et privée sous la forme de contrats de services (80% de l’activité), de collaborations de R&D ou de mise à disposition de matériel, la plateforme Biopuces est apte à réaliser toute expérience autour des biopuces depuis le dépôt des sondes jusqu'à l'analyse des images générées. La plateforme Biopuces propose un savoir-faire reconnu dans les technologies Agilent, Affymetrix, NimbleGen et puces à façon dont la finalité peut être pour le transcriptome (ARNm et micro ARN), du génotypage (CGH-arrays), l’analyse de la régulation de l'expression des gènes (épigénétique) ou d’interactions de biomolécules, sur tout système biologique (microbiens, plantes, animaux, humains) et pour des applications en santé humaine, santé animale, microbiologie, agronomie et environnement.

Exemples de prestations :

* Expression (mRNA et miRNA)
* Génotypage (CNV, SNP)
* Epigénétique (Chip-Chip, Méthylation)
* Puce à protéines
* Etudes des interactions moléculaires (protéine/protéine, protéine/ADN, protéine/ligand) par Résonance Plasmonique de surface (SPRi)
* Conception de puces à façon
* Contrôle qualité des ARNs
* Marquage et contrôle du marquage
* Hybridation
* Scan
* Analyses d'images
* Analyses statistiques
* De par sa fusion avec la plateforme GeT-PlaGe, la plateforme met une partie de son personnel(un biologiste et un bioinformaticien) à la disposition des projets de séquençageréalisé sur le HiSeq2000 (Illumina)


Exemples de projets et Références

Avec près de 450 clients, dont certains récurrents, en 10 ans et environ 80 projets par an, la plateforme Biopuces est devenue une référence en matière d’expertise biopuces et un outil technologique incontournable, notamment au niveau local dont sont issus 45% des clients mais également au niveau national (22%) et international (33%), notamment dans le cadre de projets européens.

En termes de répartition thématique, l’activité de la plateforme se répartit entre des applications en microbiologie (40%), autour des agrobiosciences, en sante animale et en santé humaine dont l’importance tend à croître avec les projets Cancéropole

Parmi les clients industriels, on peut citer : Pierre Fabre, Sanofi-Aventis, Dendris, Biopole, Vectalys, METabolic Explorer, Scanelisj, … Réduire

- Champs de rattachement :
 

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