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Plateforme Transcriptome - TILLING
(ACS)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : végétal
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : Génétique des plantes
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Objet d'étude : végétal
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : Génétique des plantes
Echelle d'étude : gene pool
Dispositif technique et méthode d'étude : plateforme génomique fonctionnelle
Composé chimique, Facteur du milieu : adn chromosomique
Phénomène, processus et fonction : développement du fruit
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- Description détaillée :
La Plateforme transcriptome – TILLING est localisée dans l’UMR1332 sur le site INRA de Villenave Afficher la suite
La Plateforme transcriptome – TILLING est localisée dans l’UMR1332 sur le site INRA de Villenave d'Ornon, mais elle est associée à Plateforme Génome Transcriptome (PGT) du Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB). La PGT a été labellisée par IBiSA et par l’INRA (plateforme stratégique) en 2009.

La Plateforme transcriptome – TILLING a fusionné en 2009 avec la Plateforme Génotypage Séquençage du fait de l'évolution de la transcriptomique liée à l’émergence du séquençage de nouvelle génération, mais elle conserve une forte spécificité sur les activités tilling.

La Plateforme transcriptome – TILLING met à disposition de la communauté scientifique une technologie permettant l'identification d'une série d'allèles pour un gène donné et pouvant être adaptée à un screening à haut débit de mutations induites par l'EMS ou de variations génétiques naturelles.

Les approches haut débit utilisées dans le cadre des études de génomique (transcriptome, protéome, métabolome) réalisées sur la tomate génèrent un nombre considérable de gènes candidats dont la fonction doit être étudiée in planta par des approches de génétique inverse. Dans ce but, l'équipe Génomique Fonctionnelle du Développement du Fruit de l'UMR Biologie du Fruit et Pathologie a développé une collection de mutants fortement mutagénéisés par l'EMS qui comprend 8 500 familles de mutants M2 chez la tomate miniature MicroTom ainsi qu'une base de données phénotypiques associée (MMDB, accès public envisagé à terme) décrivant près de 3 500 familles M2 de mutants (soit 42 000 plantes).
En parallèle, une plateforme de TILLING a été mise en place à l'UMR Biologie du Fruit et Pathologie afin de réaliser la détection de mutations inconnues chez des gènes cibles sur la population de mutants MicroTom. La technologie de TILLING utilisée est celle originellement développée par l'équipe de S. Henikoff à Seattle et adaptée en collaboration avec l'URGV à l'INRA d'Evry.
Le TILLING (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes) est une méthode de génétique inverse, basée sur la capacité d'une endonucléase à détecter les mésappariements dans un double brin d'ADN et à réaliser une coupure à leur niveau. Les mésappariements surgissent lorsque deux brins d'ADN ne possèdent pas la même séquence, créant ainsi des hétéroduplexes lors de leur appariement. Cela permet de détecter des points de mutation uniques induits par une mutagénèse chimique.
Cette technique permet l'identification d'une série d'allèles pour 1 gène donné et peut être adaptée à un screening à haut débit de mutations induites par l'EMS ou de variations génétiques naturelles.

Pour la mise en place de cette plateforme, notre équipe collabore avec l'URGV de l'INRA d'Evry et l'UGAFL de l'INRA d'Avignon dans le cadre du projet Génoplante GENOTILL et du projet européen Solanaceae EU SOL.

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