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Plateforme Métabolome - Fluxome
(ACS)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : métabolome
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : biochimie
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Objet d'étude : métabolome
Question sociétale et finalité, contexte : amélioration génétique
Démarche, discipline : biochimie
Echelle d'étude : plante adulte
Dispositif technique et méthode d'étude : rmn métabolique
Composé chimique, Facteur du milieu : métabolite
Phénomène, processus et fonction : composition biochimique
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- Description détaillée :
La plate-forme Métabolome-Fluxome du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux (labellisé IBiSA en Afficher la suite
La plate-forme Métabolome-Fluxome du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux (labellisé IBiSA en 2008 et Plate-forme Stratégique INRA en 2009) est localisée sur 2 sites :
- le Centre INRA de Bordeaux-Aquitaine à Villenave d'Ornon [UMR Biologie du Fruit et Pathologie (UMR BFP) et Groupe d'Etude des Substances Végétales à Activité Biologique (EA 3675, GESVAB)],
- l'Université de Bordeaux 2 [Laboratoire de Biogenèse Membranaire (LBM) sur le site de Carreire, prochainement sur le Centre INRA de Bordeaux-Aquitaine à Villenave d'Ornon].

L'équipe de la plate-forme Métabolome-Fluxome contribue activement aux activités du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique .
La plate-forme est équipée de deux spectromètres de RMN (500 MHz et 600 MHz ), d'une chaîne d'analyse des lipides par HPTLC, d'un numérisateur de radioactivité, de trois chromatographes en phase gazeuse dont une chaîne GC-MS, d'un système LC-QqTOF-MS, d'un système LC-MS n (ion-trap), d'un système nanoLC-Qtrap-MS et d'un plateau robotisé de phénotypage métabolique à haut débit.

La démarche Qualité , initiée en 2005, est structurée d'après la cartographie des processus selon la norme ISO 9001 version 2000. Elle est animée par un animateur Qualité.
La plate-forme sert de support à des recherches principalement en génomique fonctionnelle et génétique des plantes, écophysiologie et pharmacologie dans le cadre de la SFR BEI et dans le cadre de collaborations au niveau régional, national et européen.
Les principaux domaines d'étude concernent :
- la qualité des fruits charnus et des grains,
- les relations hôte-pathogène,
- l'étude de la biogenèse membranaire,
- les propriétés des polyphénols.

Prestations offertes par la plate-forme :

Métabolome et Lipidome
- Métabolomique ciblée ou non ciblée : empreintes ou profils métaboliques par spectrométrie de RMN-1H ou LC-MS,
- Métabolomique quantitative : profils métaboliques par RMN-1H quantitative,
- Profils métaboliques ciblés quantitatifs par HPLC (analyse de familles de métabolites : acides aminés et organiques, sucres solubles, isoprénoïdes, composés phénoliques),
- Lipidomique : identification et quantification par HPTLC, GC ou GC-MS des lipides ou de la composition en acides gras de tissus, cellules, cires végétales, organites ou fractions membranaires,
- Analyse structurale par RMN multi-dimensionnelle des polyphénols et de leurs interactions avec des biomolécules.

Métabolisme et Fluxome
- Mesures à haut débit: mesures de métabolites, d'activités enzymatiques et de caractéristiques cinétiques,
- Etude des voies métaboliques des lipides par marquage puis HPTLC,
- Fluxomique : mesures d'enrichissements isotopiques après marquage avec des isotopes stables pour la détermination de flux métaboliques.

Prestations connexes
- Extraction spécifique du type d'analyse biochimique et du tissu ou matrice à analyser,
- Analyses statistiques multivariées et univariées de données métabolome,
- Gestion et archivage des données et méta-données métabolome (Base de données) en collaboration avec le CBiB,
- Accueil personnalisé de scientifiques et formation aux technologies et outils métabolomiques (analytiques et statistiques),
- Formation initiale : encadrement de Masters et Doctorants,
- Organisation d'atelier et de journées scientifiques.

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- Champs de rattachement :
 

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