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Biodiversité naturelle et génomique des champignons lignocellulolytiques
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : champignon filamenteux, lignine, lignocellulose
Question sociétale et finalité, contexte : biodiversité fongique
Démarche, discipline : génomique, Mycologie
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Objet d'étude : champignon filamenteux, lignine, lignocellulose
Question sociétale et finalité, contexte : biodiversité fongique
Démarche, discipline : génomique, Mycologie
Dispositif technique et méthode d'étude : génétique formelle
Phénomène, processus et fonction : ressource génétique, surexpression
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- Description détaillée :
Cette activité est focalisée sur l'étude de la biodiversité des champignons lignocellulolytiques Afficher la suite
Cette activité est focalisée sur l'étude de la biodiversité des champignons lignocellulolytiques dans ses différents aspects complémentaires : les écosystèmes, les espèces et les génomes et s’appuie sur un Centre International de Ressources Microbiologiques (CIRM-Champignons Filamenteux).
Au niveau de l’espèce et des biotopes (Sous-axe 1.a), il s’agira d’évaluer la diversité fongique à la fois aux niveaux taxonomique et fonctionnel (géophylogénie fonctionnelle) et de développer de nouveaux marqueurs taxonomiques et phylogénétiques. L’étude des biotopes méditerranéens (région PACA), des biotopes néotropicaux (Antilles françaises et Amazonie) et de la mangrove (écosystème tropical à l’interface entre les milieux marin et terrestre), seront en particulier ciblés.
Au niveau des génomes, l’étude de la biodiversité fongique (Sous-axe 1.b.) permettra de compléter et d'incrémenter la classification des FOlymes, d'identifier et de comparer les réseaux de gènes (FOLomes) spécifiques aux champignons des pourritures blanches et brunes. Une approche originale, fiable et précise, basée sur la phylogénie sera développée pour l’annotation fonctionnelle du génome de Pycnoporus cinnabarinus, champignon modèle de l’unité. Par ailleurs, les gènes impliqués dans la lignocellulolyse seront étudiés par une approche phylogénomique visant à tester les relations entre changement évolutif et changement fonctionnel et ce, afin d’évaluer les mécanismes d’adaptation du champignon dans son environnement. Cette étude permettra d’établir des liens entre sites sous sélection positive et fonction enzymatique. Ces sites seront ciblés par mutagenèse dirigée afin d’étudier et d’améliorer la catalyse enzymatique
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- Champs de rattachement :
 

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