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Plateforme de Génotypage BAP (Gentyane)
(ACS)
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La Plate-forme s'est spécialisée dans le génotypage sur matériel végétal :
- le Génotypage Afficher la suite
La Plate-forme s'est spécialisée dans le génotypage sur matériel végétal :
- le Génotypage Microsatellites (SSR) est déjà en production avec une capacité de 7500 analyses de marqueurs microsatellites / jour ;
- le Génotypage de SNP est en cours de développement avec une capacité potentielle de 25 000 analyses de points SNP / jour ;
- d'autres méthodes telles le Fingerprint de Bacs, le Tilling et Transcriptomique sont en cours de mise en place sur la Plate-forme.
Nous travaillons actuellement sur des plantes comme le Blé, l'Orge, le Maïs, le Tournesol et le Colza, mais nous sommes ouverts à tout autre type de matériel. Pour ce faire, nous disposons d'une palette technologique étendue : Extraction d'ADN en plaques 96 puits ; PCR 96 et 384 puits ; Analyse de fragments sur séquenceur capillaire; Analyse de SNP par système TaqMan sur appareil à PCR quantitative ; Analyse de SNP sur séquenceur capillaire par techniques SnapShot et Snplex ; SSCP ; TILLING ; PCR en temps réel.
Pour ce faire, la plate-forme dispose d'un certain nombre d'outils :
- 1 LIMS (Laboratory Information Management System) pilotant un système de gestion de production par codebarre ; installation en cours (LS-LIMS APPLIED BIOSYSTEMS) ;
- 3 serveurs informatique : 2 Linux (HP Bi processeurs 2.4 Ghz) et 1 Windows (Dell Bi processeurs 3 Ghz) ;
- 3 séquenceurs capillaire ABI 3100 (APPLIED BIOSYSTEMS) ;
- 1 système de détection de séquence ABI PRISM 7900HT-384 puits (APPLIED BIOSYSTEMS) ;
- 1 plate-forme de pipetage automatisée Genesis Workstation 150 (TECAN) ;
- 2 plate-formes de pipetage automatisées Biomek FX (BECKMAN) ;
- 1 robot de pipetage Biomek 2000 (BECKMAN);
- 3 thermocycleurs PTC-225 avec 2 blocs 96 et 12 blocs 384 (MJ RESEARCH).
Des Procédures et Modes Opératoires standardisés et validés en production haut débit sont d'ores et déjà mis en place ;
Une certification ISO 9001 est à l'étude.
Une charte plate-forme ayant pour objectif de définir précisément les règles d'accès à la plate-forme ainsi que les droits et devoirs des utilisateurs souhaitant développer des programmes à l'aide de cette ressource est disponible sur le web au format pdf à l'adresse
Dans le cadre de l'UMR Amélioration et Santé des Plantes, des recherches approfondies de génétique sont conduites depuis plus de vingt ans sur les céréales, le maïs et le tournesol. L'unité a été pionnière dans le développement de cartes génétiques de référence mondiale chez le Blé et le Tournesol. Ces cartes étaient basées sur des marqueurs RFLP. Depuis quelques années, dans un effort public de recherche, puis de collaboration public-privé (initiative génoplante) de nombreux marqueurs moléculaires tels des microsatellites ont pu être développés notamment grâce aux travaux de séquençage. Ceci fait aujourd'hui la base de notre spécificité scientifique et notre reconnaissance internationale. Les outils du génotypage à haut débit sont une nécessité pour épauler de nombreuses recherches fondamentales et finalisées comme approfondir enfin la connaissance fine des ressources génétiques ou élaborer des stratégies de construction de variétés basées sur des assemblages volontaires d'allèles. Le développement de recherches utilisant de nouveaux marqueurs de gènes comme les SNP chez des organismes polyploïdes fait partie également de nos stratégies. Dans le domaine des recherches de génomique conduites sur les organismes vivants et plus particulièrement le végétal, la France conduit comme les autres pays développés, un programme d'envergure. Cette initiative " Génoplante ", qui fédère à la fois des organismes publics de recherche et des sociétés de sélection en végétal, doit amener à développer nos connaissances et applications sur les gènes qui gouvernent des caractères d'intérêt agronomique. Aujourd'hui, en relais de ce programme, la région Auvergne, grâce à une mobilisation conjointe de l'INRA et du groupe Limagrain, se dote d'une plate-forme de génotypage à haut débit pour les céréales. Cette plate-forme a pour but de développer les applications et extensions nécessaires aux connaissances acquises dans l'initiative Génoplante. Plus encore, notre ambition est de les amplifier par la prise en compte, la description et l'exploitation de la variabilité alléliques des gènes identifiés.
Ces applications permettront par exemple en utilisant l'identification génétique d'allèles à effets positifs, puis leur association par sélection dirigée avec des marqueurs moléculaires, de créer des variétés où les voies métaboliques de produits à forte composante nutritionnelle auront été optimisées en fonction d'objectifs précis. Les retombées prévisibles concerneront donc la création plus rapide et plus précise de variétés correspondant mieux aux demandes des industriels transformateurs et aux exigences de qualité des consommateurs.
- Collaborations équipes INRA : Lusignan ; Le Moulon ; CNG.
- Collaborations secteur public (autres que INRA) : Laboratoire Ecologie Systématique et Evolution UMR - 8079 CNRS-UPS d'Orsay, Équipe de Pierre-Henri GOUYON pour la réalisation d'un projet de génotypage SSR de 200 000 points en 2005 dans le cadre d'un programme d'analyse de flux de gènes chez le Colza.
- Partenariats secteur privé : Biogemma S.A. ; Limagrain.La mise en oeuvre automatisée et robotisée des marqueurs génétiques de première génération est actuellement en cours. Leur intégration dans nos programmes de description et de connaissance des ressources génétiques des céréales est une réalité qui a déjà permis de retracer l'histoire évolutive récente de la sélection des blés en France ou de permettre la constitution de collections représentatives de cette variabilité pour l'espèce Blé. L'ensemble des collections de céréales détenues au niveau français est désormais rassemblé à l'INRA de Clermont-Ferrand et nous avons pu ainsi constituer le centre de ressources génétiques pour ce groupe de plantes. Il importe aujourd'hui de réaliser les investissements complémentaires en matériels scientifiques permettant la mise en oeuvre amplifiée des marqueurs de première génération mais également de se doter, comme en génomique humaine, des matériels permettant d'utiliser à haut débit les marqueurs de deuxième génération. Ces marqueurs reposent sur la description de variants ultimes de séquences de gènes, c'est-à-dire de variants touchant une seule base d'ADN (variants dits SNP). - Une dizaine de projets de génotypage microsatellites sont en cours de réalisation pour les équipes de l'UMR en 2005 (soit environ 350 000 points) ;
- Thèse 2005 de Valérie Roussel : «Constitution de core-collection en vue d'accéder à la diversité allélique» - 200 000 points de génotypage microsatellites validés sur la Plate-forme ;
- Thèse 2004 de Sébastien Crépieux : «Étude méthodologique et expérimentale de la détection de QTL pour Des populations issues de sélection généalogique» - 80 000 points de génotypage microsatellites validés sur la Plate-forme ;
- Projet 2004 INRA Lusignan : «Évolution génétique des peuplements mono-variétaux de graminées fourragères pérennes» - 22 000 points microsatellites validés sur la Plate-forme ;
- Projet 2003 INRA Moulon : «Polymorphisme microsatellite de populations de blé tendre conduits en gestion dynamique» - 6500 points microsatellites validés sur la Plate-forme.
- Divers Projets 2003 - 2005 pour partenaires privés (BIOGEMMA ET LIMAGRAIN) : 50 000 points de génotypage microsatellites validés sur la Plate-forme en 2004. L'UMR 1095 Amélioration et Santé des Plantes s'est dotée, début 2003, d'une plate-forme de service dédiée au Génotypage à Haut Débit. Elle est destinée à apporter son concours à la réalisation de projets de recherche de l'UMR ayant recours aux technologies du génotypage mais également à ceux de l'extérieur comme des projets du Département INRA de Génétique et Amélioration des Plantes au niveau national, des projets des EPST et Universités au niveau de la Région Auvergne et au niveau national.
Elle a été établie grâce à des financements obtenus de l'INRA, du Conseil Régional Auvergne (dans le cadre des programmes CPER qualité des aliments), et des fonds d'aménagement Européens FEDER. Elle s'inscrit dans un projet significatif de développement du génopyage des céréales mené conjointement en Auvergne avec le groupe Limagrain.
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