Vous cherchez...

 
Une recherche
   
   
 
 
Ecologie microbienne et Biodiversité
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :

- Description détaillée :
Ces dernières années, une problématique cruciale en Ecologie Microbienne a été de renseigner l’ Afficher la suite
Ces dernières années, une problématique cruciale en Ecologie Microbienne a été de renseigner l’étendue de la diversité microbienne dans les écosystèmes où les microorganismes jouent un rôle clé dans le fonctionnement global. En ce sens, les procédés de dépollution, et en particulier les procédés de digestion anaérobie, étaient de parfaits modèles d’étude. Le LBE a su très tôt prendre la mesure de cet enjeu et tirer parti des méthodes moléculaires alors émergentes pour inventorier – dès 1997 – la diversité microbienne présente. Depuis, bien d’autres écosystèmes ont été inventoriés et il est apparu que quel que soit l’écosystème microbien retenu, une prodigieuse diversité taxonomique est présente. Nos interrogations sur l’étendue de cette diversité microbienne ont ainsi fait place à des questionnements sur (i) les mécanismes d’émergence de la diversité, (ii) le rôle que peut jouer la redondance fonctionnelle des espèces et (iii) l’impact du maintien de fortes diversités dans le fonctionnement des écosystèmes (en terme de performance et de stabilité). En répondant à ces nouvelles pistes de recherche, l’ambition est de devenir acteur via les microbes dans l’objectif de profiter des compétences du LBE en Ingénierie des Procédés pour trouver des nouveaux leviers permettant d’agir sur les écosystèmes. Les microorganismes impliqués dans les procédés de dépollution sont en effet en immense majorité non cultivables, possèdent de fortes redondances fonctionnelles et établissent un maillage d’interactions complexes. Ces écosystèmes ne peuvent donc se résumer à la somme de quelques bactéries connues et fonctionnellement bien caractérisées. L’écosystème doit ainsi être étudié dans sa globalité, piloté le plus finement possible et les microorganismes doivent être observés avec des outils moléculaires suffisamment génériques. Ce défi comporte plusieurs aspects : connaître les microbes, comprendre l’écosystème et trouver des moyens d’action innovants. Pour y parvenir, nous concentrons nos recherches sur la diversité microbienne en essayant de répondre aux questions suivantes : Comment améliorer la mesure de la diversité ? Quel est son rôle ? Quelle est sa genèse et comment se maintient-elle ? L’originalité de notre démarche a consisté à travailler sur des écosystèmes réels (approche in vivo) et en comparaison avec des écosystèmes virtuels (approche in silico). Notre intérêt porte à la fois sur les micro-organismes actifs au sein des procédés mais aussi sur la survie des micro-organismes indésirables ou pathogènes qui sont disséminés dans l’environnement à partir des procédés de dépollution via l’eau, l’air ou l’épandage. De plus, l’organisation thématique du LBE nous permet d’avoir accès à des procédés de laboratoire qui peuvent être assimilés à des microcosmes d’écosystèmes complets en conditions finement contrôlées, contrairement aux écosystèmes microbiens naturels (e.g. système digestif, sol, rivière). Ceci étant, ces questions autour de la diversité étant génériques à tous les écosystèmes microbiens, nous nourrissons notre recherche d’échanges toujours très riches avec d’autres équipes (INRA ou non) qui travaillent sur d’autres écosystèmes microbiens (humain, rumen, lapin, sol, etc). Les chercheurs du LBE sont en outre fortement impliqués dans la mise en place du métaprogramme Métagénome et Ecosystèmes Microbiens porté par le département MICA. Réduire

- Champs de rattachement :
 

En naviguant sur notre site vous acceptez l'installation et l'utilisation des cookies sur votre ordinateur. En savoir +