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Génomique fonctionnelle et évolutive des actinomycètes
(ACR)
- Mot(s) clé(s) :
Objet d'étude : streptomyces
Dispositif technique et méthode d'étude : fouille de données
Composé chimique, Facteur du milieu : chromosome linéaire
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Objet d'étude : streptomyces
Dispositif technique et méthode d'étude : fouille de données
Composé chimique, Facteur du milieu : chromosome linéaire
Phénomène, processus et fonction : évolution, métabolisme secondaire
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- Description détaillée :
LORIA (INRIA Loraaine) Groupes ORPAILLEUR (JF Mari) et ADAGIO (I. Debled, G. Kucherov)

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LORIA (INRIA Loraaine) Groupes ORPAILLEUR (JF Mari) et ADAGIO (I. Debled, G. Kucherov)

Génoscope (CNS)

IGM Orsay (Equipe MMA, JL Pernodet)

Consortium ActinoGen (18 laboratoires, IVème PCRDT)

CMCU (10 laboratoires dont 5 tunisiens) Séquençage partiel du génome de Streptomyces ambofaciens : identification de la compartimentation génétique du génome linéaire des Streptomyces et des mécanismes d'évolution du chromosome linéaire.

Développement de méthodes de fouilles de données génomques appliquées à l'identification de site de fixation de facteurs transcrptionnels.

Identification de nouivelles voies de biosynthèse : caractérisation des produits et étude de la régulation de l'expression.

Caractérisation de l'instabilité génétique affectant un facteur sigma impliqué dans la différenciation cellulaire. Les Streptomyces sont des bactéries vivant dans le sol productrices de nombreux métabolites d'intérêt. Elles présentent des caractéristiques génomiques et physiologiques remarquables. D'un point de vue génomique, leur chromosome est linéaire, de grande taille et présente un taux en bases G et C extrême. D'un point de vue physiologique, les métabolites secondaires sont d'une grande diversité structurales. Les métabolites produits ont par ailleurs de nombreuses applications biotechnologiques (pharmaceutique,agro-alimentaire...).

Les mécanismes de la variabilité génétique sont étudiés au travers de l'étude de l'instabilité génétique et chromosomique de l'espèce Streptomyces ambofaciens, producteur de la spiramycine (macrolide).
La génomique comparée des Streptomyces séquencés (dont S. ambofaciens par le Génoscope) permet d'étudier l'organisation génétique et l'évolution, et d'indentifier les gènes d'intérêt (nouvelles voies de biosynthèse).
Les collaborations aves les informaticiens du LORIA (INRIA Lorraine) a permis d'appliquer des méthodes de fouilles de données aux séquences de S. ambofaciens.
L'identification et l'analyse fonctionnelle des nouvelles voies de biosynthèse de métabolites d'intérêt est entreprise. Réduire

- Champs de rattachement :
 

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